Crystal Structure of at1412Dm Fab Fragment
PDB | 6rlm |
Species | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of Fvs | 8 |
In complex | False |
Light chain type | Kappa |
Has constant region | True |
|
Display options: |
This PDB has 8 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | K |
Light chain | L |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -60.69° |
HC1 | 73.22° |
HC2 | 120.56° |
LC1 | 122.84° |
LC2 | 80.3° |
dc | 16.34Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | I |
Light chain | J |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -61.02° |
HC1 | 72.86° |
HC2 | 119.0° |
LC1 | 122.69° |
LC2 | 81.6° |
dc | 16.47Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | M |
Light chain | N |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -60.63° |
HC1 | 73.23° |
HC2 | 119.45° |
LC1 | 122.47° |
LC2 | 81.35° |
dc | 16.36Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | O |
Light chain | P |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -59.95° |
HC1 | 73.27° |
HC2 | 118.88° |
LC1 | 122.19° |
LC2 | 81.12° |
dc | 16.43Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | A |
Light chain | B |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -60.39° |
HC1 | 73.19° |
HC2 | 119.99° |
LC1 | 121.59° |
LC2 | 80.68° |
dc | 16.5Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | C |
Light chain | D |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -60.44° |
HC1 | 73.18° |
HC2 | 119.66° |
LC1 | 122.31° |
LC2 | 81.48° |
dc | 16.42Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | E |
Light chain | F |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -59.57° |
HC1 | 73.54° |
HC2 | 120.64° |
LC1 | 121.96° |
LC2 | 80.91° |
dc | 16.37Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | G |
Light chain | H |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGKV4 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | False |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | V | V | E | S | G | G | G | L | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | T | F | D | D | Y | A | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | S | G | I | S | W | N | S | G | S | I | V | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | A | K | N | S | L | Y | L | Q | L | N | S | L | R | A | E | D | T | A | F | Y | Y | C | A | K | A | V | S | G | Y | F | P | Y | F | D | Y | W | G | Q | G | I | L | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 30B | 30C | 30D | 30E | 30F | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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D | I | V | M | T | Q | S | P | D | S | L | S | V | S | L | G | E | R | A | T | I | N | C | K | S | S | Q | S | V | L | Y | S | S | N | N | K | N | Y | L | G | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | P | P | K | L | L | I | Y | W | A | S | T | R | E | S | G | V | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | T | D | F | T | L | T | I | S | S | L | Q | A | E | D | V | A | V | Y | Y | C | Q | Q | Y | Y | T | T | P | S | T | F | G | Q | G | T | R | L | E | I | K |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFTFDDY |
CDRH2 | SWNSGS |
CDRH3 | AVSGYFPYFDY |
CDRL1 | KSSQSVLYSSNNKNYLG |
CDRL2 | WASTRES |
CDRL3 | QQYYTTPST |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -60.49° |
HC1 | 73.24° |
HC2 | 119.23° |
LC1 | 122.32° |
LC2 | 81.45° |
dc | 16.36Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
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