ab1245 Fab in complex with Bg505 Sosip.664 and 8anc195 Fab
| PDB | 7mxe |
| Species | HOMO SAPIENS; MACACA MULATTA |
| Method | ELECTRON MICROSCOPY |
| Resolution | 3.7Å |
| Number of Fvs | 4 |
| In complex | True |
| Light chain type | Kappa,Lambda |
| Has constant region | True |
|
|
Display options: |
This PDB has 4 Fv(s).
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | H |
| Light chain | L |
| Heavy subgroup | unknown |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | HOMO SAPIENS |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 71A | 72 | 72A | 72B | 72C | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | I | H | L | V | Q | S | G | T | E | V | K | K | P | G | S | S | V | T | V | S | C | K | A | Y | G | V | N | T | F | G | L | Y | A | V | N | W | V | R | Q | A | P | G | Q | S | L | E | Y | I | G | Q | I | W | R | W | K | S | S | A | S | H | H | F | R | G | R | V | L | I | S | A | V | D | L | T | G | S | S | P | P | I | S | S | L | E | I | K | N | L | T | S | D | D | T | A | V | Y | F | C | T | T | T | S | T | Y | D | R | W | S | G | L | H | H | D | G | V | M | A | F | S | S | W | G | Q | G | T | L | I | S | V | S | A |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | T | G | D | T | V | R | I | S | C | R | A | S | Q | S | I | T | G | N | W | V | A | W | Y | Q | Q | R | P | G | K | A | P | R | L | L | I | Y | R | G | A | A | L | L | G | G | V | P | S | R | F | R | G | S | A | A | G | T | D | F | T | L | T | I | G | N | L | Q | A | E | D | F | G | T | F | Y | C | Q | Q | Y | D | T | Y | P | G | T | F | G | Q | G | T | K | V | E | V | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | G,D |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | envelope glycoprotein bg505 sosip.664 gp120; hiv-1 envelope glycoprotein bg505 sosip.664 gp41 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GVNTFGLY |
| CDRH2 | WRWK |
| CDRH3 | TSTYDRWSGLHHDGVMAFSS |
| CDRL1 | RASQSITGNWVA |
| CDRL2 | RGAALLG |
| CDRL3 | QQYDTYPGT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -61.71° |
| HC1 | 72.91° |
| HC2 | 114.33° |
| LC1 | 121.37° |
| LC2 | 84.89° |
| dc | 16.85Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | M |
| Light chain | O |
| Heavy subgroup | unknown |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | HOMO SAPIENS |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 71A | 72 | 72A | 72B | 72C | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | I | H | L | V | Q | S | G | T | E | V | K | K | P | G | S | S | V | T | V | S | C | K | A | Y | G | V | N | T | F | G | L | Y | A | V | N | W | V | R | Q | A | P | G | Q | S | L | E | Y | I | G | Q | I | W | R | W | K | S | S | A | S | H | H | F | R | G | R | V | L | I | S | A | V | D | L | T | G | S | S | P | P | I | S | S | L | E | I | K | N | L | T | S | D | D | T | A | V | Y | F | C | T | T | T | S | T | Y | D | R | W | S | G | L | H | H | D | G | V | M | A | F | S | S | W | G | Q | G | T | L | I | S | V | S | A |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | T | G | D | T | V | R | I | S | C | R | A | S | Q | S | I | T | G | N | W | V | A | W | Y | Q | Q | R | P | G | K | A | P | R | L | L | I | Y | R | G | A | A | L | L | G | G | V | P | S | R | F | R | G | S | A | A | G | T | D | F | T | L | T | I | G | N | L | Q | A | E | D | F | G | T | F | Y | C | Q | Q | Y | D | T | Y | P | G | T | F | G | Q | G | T | K | V | E | V | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | C,P |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | hiv-1 envelope glycoprotein bg505 sosip.664 gp41; envelope glycoprotein bg505 sosip.664 gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GVNTFGLY |
| CDRH2 | WRWK |
| CDRH3 | TSTYDRWSGLHHDGVMAFSS |
| CDRL1 | RASQSITGNWVA |
| CDRL2 | RGAALLG |
| CDRL3 | QQYDTYPGT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -62.29° |
| HC1 | 72.81° |
| HC2 | 114.94° |
| LC1 | 120.41° |
| LC2 | 84.76° |
| dc | 17.04Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | A |
| Light chain | B |
| Heavy subgroup | unknown |
| Light subgroup | IGKV1 |
| Species | HOMO SAPIENS |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 71A | 72 | 72A | 72B | 72C | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | I | H | L | V | Q | S | G | T | E | V | K | K | P | G | S | S | V | T | V | S | C | K | A | Y | G | V | N | T | F | G | L | Y | A | V | N | W | V | R | Q | A | P | G | Q | S | L | E | Y | I | G | Q | I | W | R | W | K | S | S | A | S | H | H | F | R | G | R | V | L | I | S | A | V | D | L | T | G | S | S | P | P | I | S | S | L | E | I | K | N | L | T | S | D | D | T | A | V | Y | F | C | T | T | T | S | T | Y | D | R | W | S | G | L | H | H | D | G | V | M | A | F | S | S | W | G | Q | G | T | L | I | S | V | S | A |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | I | Q | M | T | Q | S | P | S | T | L | S | A | S | T | G | D | T | V | R | I | S | C | R | A | S | Q | S | I | T | G | N | W | V | A | W | Y | Q | Q | R | P | G | K | A | P | R | L | L | I | Y | R | G | A | A | L | L | G | G | V | P | S | R | F | R | G | S | A | A | G | T | D | F | T | L | T | I | G | N | L | Q | A | E | D | F | G | T | F | Y | C | Q | Q | Y | D | T | Y | P | G | T | F | G | Q | G | T | K | V | E | V | K |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | J,F |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | envelope glycoprotein bg505 sosip.664 gp120; hiv-1 envelope glycoprotein bg505 sosip.664 gp41 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD/NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GVNTFGLY |
| CDRH2 | WRWK |
| CDRH3 | TSTYDRWSGLHHDGVMAFSS |
| CDRL1 | RASQSITGNWVA |
| CDRL2 | RGAALLG |
| CDRL3 | QQYDTYPGT |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -62.56° |
| HC1 | 73.57° |
| HC2 | 114.91° |
| LC1 | 120.11° |
| LC2 | 85.52° |
| dc | 16.82Å |
| Fv Details | |
|---|---|
| Heavy chain | R |
| Light chain | W |
| Heavy subgroup | IGHV4 |
| Light subgroup | IGLV9 |
| Species | MACACA MULATTA |
| In complex? | True |
| scFv? | False |
| Has constant domain? | True |
| Numbered Sequences (chothia) |
|---|
Heavy chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 31A | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 100L | 100M | 100N | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | V | Q | L | Q | Q | S | G | P | G | L | V | K | P | S | E | T | L | S | L | T | C | T | V | S | G | G | S | I | S | E | S | Y | Y | W | K | W | I | R | Q | P | P | G | K | G | L | E | W | V | G | R | I | Y | G | S | G | V | S | T | S | Y | N | P | S | L | E | S | R | V | T | I | S | K | D | T | S | K | N | H | F | S | L | K | L | T | S | V | T | A | A | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | S | Y | V | R | A | E | T | L | M | F | A | S | L | G | G | P | Y | N | R | F | D | V | W | G | A | G | V | L | V | T | V | S | S |
Light chain
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 30A | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 52B | 52C | 52D | 52E | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 95C | 95D | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Q | S | A | L | T | Q | P | S | S | A | S | A | S | L | G | A | S | V | T | L | T | C | T | L | S | S | G | Y | S | N | S | A | V | D | W | H | Q | Q | R | P | G | K | G | P | Q | F | V | M | R | V | G | T | G | G | I | V | G | S | K | G | D | G | I | P | D | R | F | S | G | S | G | S | G | L | N | R | Y | L | I | I | K | N | I | Q | E | E | D | E | S | D | Y | H | C | G | A | D | H | G | T | G | S | A | F | V | Y | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
| Antigen Details | |
|---|---|
| Antigen chains | J |
| Antigen type | protein |
| Antigen name | envelope glycoprotein bg505 sosip.664 gp120 |
| Antigen species | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen sequence | NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR |
| CDR Sequences (chothia definition) | |
|---|---|
| CDRH1 | GGSISESY |
| CDRH2 | YGSGVS |
| CDRH3 | SYVRAETLMFASLGGPYNRFDV |
| CDRL1 | TLSSGYSNSAVD |
| CDRL2 | VGTGGIVGSKGD |
| CDRL3 | GADHGTGSAFVYV |
| Orientation Angles (from ABangle) | |
|---|---|
| HL | -56.98° |
| HC1 | 74.5° |
| HC2 | 116.42° |
| LC1 | 120.82° |
| LC2 | 85.14° |
| dc | 16.81Å |
Schneider, C., Raybould, M.I.J., Deane, C.M. (2022) SAbDab in the Age of Biotherapeutics: Updates including SAbDab-Nano, the Nanobody Structure Tracker. Nucleic Acids Res. 50(D1):D1368-D1372 [link]
SAbDab paper: Dunbar, J., Krawczyk, K. et al (2014). Nucleic Acids Res. 42. D1140-D1146 [link]
Thera-SAbDab paper: Raybould, M.I.J., Marks, C. et al (2019). Nucleic Acids Res. gkz827 [link]
