Crystal Structure of antibody Wrair-2134 in complex with Sars-Cov-2 Receptor Binding Domain
PDB | 8f2j |
Species | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.16Å |
Number of Fvs | 4 |
In complex | True |
Light chain type | Lambda |
Has constant region | True |
|
Display options: |
This PDB has 4 Fv(s).
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | A |
Light chain | B |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGLV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | G | G | V | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | I | F | S | S | Y | G | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | A | V | I | W | Y | D | G | S | N | K | Y | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | Y | L | Q | M | N | S | L | R | A | E | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | D | L | S | S | S | S | G | W | D | D | Y | Y | Y | Y | Y | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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S | Y | E | L | T | Q | P | P | S | V | S | V | S | P | G | Q | T | A | S | I | T | C | S | G | D | K | L | G | D | K | Y | A | C | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | S | P | V | L | V | I | Y | Q | D | S | K | R | P | S | G | I | P | E | R | F | S | G | S | N | S | G | N | T | A | T | L | T | I | S | G | T | Q | A | M | D | E | A | D | Y | Y | C | Q | A | W | D | S | S | T | S | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | C |
Antigen type | protein |
Antigen name | spike protein s1 |
Antigen species | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
Antigen sequence | NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPGSHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFIFSSY |
CDRH2 | WYDGSN |
CDRH3 | DLSSSSGWDDYYYYYGMDV |
CDRL1 | SGDKLGDKYAC |
CDRL2 | QDSKRPS |
CDRL3 | QAWDSSTSYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -57.41° |
HC1 | 69.42° |
HC2 | 120.07° |
LC1 | 119.56° |
LC2 | 83.56° |
dc | 16.24Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | D |
Light chain | F |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGLV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | G | G | V | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | I | F | S | S | Y | G | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | A | V | I | W | Y | D | G | S | N | K | Y | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | Y | L | Q | M | N | S | L | R | A | E | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | D | L | S | S | S | S | G | W | D | D | Y | Y | Y | Y | Y | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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S | Y | E | L | T | Q | P | P | S | V | S | V | S | P | G | Q | T | A | S | I | T | C | S | G | D | K | L | G | D | K | Y | A | C | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | S | P | V | L | V | I | Y | Q | D | S | K | R | P | S | G | I | P | E | R | F | S | G | S | N | S | G | N | T | A | T | L | T | I | S | G | T | Q | A | M | D | E | A | D | Y | Y | C | Q | A | W | D | S | S | T | S | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | G |
Antigen type | protein |
Antigen name | spike protein s1 |
Antigen species | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
Antigen sequence | NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPGSHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFIFSSY |
CDRH2 | WYDGSN |
CDRH3 | DLSSSSGWDDYYYYYGMDV |
CDRL1 | SGDKLGDKYAC |
CDRL2 | QDSKRPS |
CDRL3 | QAWDSSTSYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -61.97° |
HC1 | 70.4° |
HC2 | 119.9° |
LC1 | 119.1° |
LC2 | 83.61° |
dc | 15.98Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | H |
Light chain | L |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGLV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | G | G | V | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | I | F | S | S | Y | G | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | A | V | I | W | Y | D | G | S | N | K | Y | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | Y | L | Q | M | N | S | L | R | A | E | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | D | L | S | S | S | S | G | W | D | D | Y | Y | Y | Y | Y | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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S | Y | E | L | T | Q | P | P | S | V | S | V | S | P | G | Q | T | A | S | I | T | C | S | G | D | K | L | G | D | K | Y | A | C | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | S | P | V | L | V | I | Y | Q | D | S | K | R | P | S | G | I | P | E | R | F | S | G | S | N | S | G | N | T | A | T | L | T | I | S | G | T | Q | A | M | D | E | A | D | Y | Y | C | Q | A | W | D | S | S | T | S | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | E |
Antigen type | protein |
Antigen name | spike protein s1 |
Antigen species | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
Antigen sequence | NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPGSHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFIFSSY |
CDRH2 | WYDGSN |
CDRH3 | DLSSSSGWDDYYYYYGMDV |
CDRL1 | SGDKLGDKYAC |
CDRL2 | QDSKRPS |
CDRL3 | QAWDSSTSYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -57.52° |
HC1 | 69.64° |
HC2 | 119.95° |
LC1 | 118.7° |
LC2 | 82.0° |
dc | 16.07Å |
Fv Details | |
---|---|
Heavy chain | I |
Light chain | J |
Heavy subgroup | IGHV3 |
Light subgroup | IGLV3 |
Species | HOMO SAPIENS |
In complex? | True |
scFv? | False |
Has constant domain? | True |
Numbered Sequences (chothia) |
---|
Heavy chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 52A | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 82A | 82B | 82C | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 100A | 100B | 100C | 100D | 100E | 100F | 100G | 100H | 100I | 100J | 100K | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
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E | V | Q | L | V | E | S | G | G | G | V | V | Q | P | G | R | S | L | R | L | S | C | A | A | S | G | F | I | F | S | S | Y | G | M | Y | W | V | R | Q | A | P | G | K | G | L | E | W | V | A | V | I | W | Y | D | G | S | N | K | Y | Y | A | D | S | V | K | G | R | F | T | I | S | R | D | N | S | K | N | T | L | Y | L | Q | M | N | S | L | R | A | E | D | T | A | V | Y | Y | C | A | R | D | L | S | S | S | S | G | W | D | D | Y | Y | Y | Y | Y | G | M | D | V | W | G | Q | G | T | T | V | T | V | S | S |
Light chain
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 57 | 58 | 59 | 60 | 61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 | 76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 | 91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 95A | 95B | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 |
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S | Y | E | L | T | Q | P | P | S | V | S | V | S | P | G | Q | T | A | S | I | T | C | S | G | D | K | L | G | D | K | Y | A | C | W | Y | Q | Q | K | P | G | Q | S | P | V | L | V | I | Y | Q | D | S | K | R | P | S | G | I | P | E | R | F | S | G | S | N | S | G | N | T | A | T | L | T | I | S | G | T | Q | A | M | D | E | A | D | Y | Y | C | Q | A | W | D | S | S | T | S | Y | V | V | F | G | G | G | T | K | L | T | V | L |
Antigen Details | |
---|---|
Antigen chains | K |
Antigen type | protein |
Antigen name | spike protein s1 |
Antigen species | SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS2 |
Antigen sequence | NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPGSHHHHHH |
CDR Sequences (chothia definition) | |
---|---|
CDRH1 | GFIFSSY |
CDRH2 | WYDGSN |
CDRH3 | DLSSSSGWDDYYYYYGMDV |
CDRL1 | SGDKLGDKYAC |
CDRL2 | QDSKRPS |
CDRL3 | QAWDSSTSYVV |
Orientation Angles (from ABangle) | |
---|---|
HL | -59.94° |
HC1 | 70.64° |
HC2 | 119.79° |
LC1 | 118.92° |
LC2 | 83.49° |
dc | 16.03Å |
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