Detailed entry information.
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Mouse TCR Tg6
Item | Info |
---|---|
PDB | 8d5p |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.75Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV6/TRAJ52 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | TCSAGRGGYAEQF | None | 13 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | ALGDPTGANTGKLT | None | 14 |
CDRA2 | ASRDKEK | None | 7 |
CDRA1 | ASGYPA | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.43° |
BC1 | 79.01° |
BA | -55.92° |
AC2 | 82.81° |
AC1 | 125.03° |
dc | 15.68Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3uts_JI | 108.87° | 79.90° | -58.16° | 82.82° | 121.85° | 15.91Å | 4.3 |
3uts_ED | 109.15° | 79.11° | -59.05° | 83.20° | 121.82° | 15.95Å | 4.7 |
1kb5_BA | 109.22° | 77.68° | -59.58° | 80.82° | 123.64° | 15.94Å | 4.8 |
5c0b_ED | 111.82° | 79.76° | -60.18° | 82.23° | 122.29° | 15.88Å | 5.3 |
5c08_JI | 111.51° | 79.52° | -60.13° | 81.85° | 122.01° | 15.86Å | 5.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3ngb_JK | 113.58° | 76.57° | -58.29° | 82.12° | 126.52° | 15.32Å | 4.9 |
4jkp_HL | 113.93° | 77.37° | -58.92° | 82.11° | 124.47° | 15.16Å | 5.0 |
3u7y_HL | 113.61° | 76.93° | -60.36° | 81.15° | 125.35° | 15.13Å | 6.1 |
1j05_BA | 112.63° | 74.17° | -55.51° | 81.57° | 122.31° | 15.88Å | 6.1 |
4s1r_HL | 114.56° | 75.71° | -58.94° | 83.32° | 124.49° | 16.28Å | 6.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV1/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV6/TRAJ52 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | TCSAGRGGYAEQF | None | 13 |
CDRB2 | LRSPGD | B2-6-C | 6 |
CDRB1 | NSQYPW | B1-6-A | 6 |
CDRA3 | ALGDPTGANTGKLT | None | 14 |
CDRA2 | ASRDKEK | None | 7 |
CDRA1 | ASGYPA | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.20° |
BC1 | 78.67° |
BA | -57.64° |
AC2 | 81.97° |
AC1 | 124.77° |
dc | 15.75Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1kb5_BA | 109.22° | 77.68° | -59.58° | 80.82° | 123.64° | 15.94Å | 2.9 |
3uts_JI | 108.87° | 79.90° | -58.16° | 82.82° | 121.85° | 15.91Å | 3.6 |
3uts_ED | 109.15° | 79.11° | -59.05° | 83.20° | 121.82° | 15.95Å | 3.7 |
5c0a_ED | 110.76° | 79.27° | -60.64° | 81.16° | 122.52° | 15.82Å | 3.9 |
5c08_JI | 111.51° | 79.52° | -60.13° | 81.85° | 122.01° | 15.86Å | 4.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4jkp_HL | 113.93° | 77.37° | -58.92° | 82.11° | 124.47° | 15.16Å | 4.2 |
3ngb_JK | 113.58° | 76.57° | -58.29° | 82.12° | 126.52° | 15.32Å | 4.4 |
3u7y_HL | 113.61° | 76.93° | -60.36° | 81.15° | 125.35° | 15.13Å | 4.8 |
4s1s_HL | 113.28° | 75.84° | -59.86° | 79.98° | 125.57° | 15.71Å | 5.2 |
4s1r_HL | 114.56° | 75.71° | -58.94° | 83.32° | 124.49° | 16.28Å | 5.6 |