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2C/H-2Kbm3/Dev8 allogeneic complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 1mwa |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.4Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | EQYKFYSV |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
|
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.83° |
BC1 | 72.25° |
BA | -59.58° |
AC2 | 77.40° |
AC1 | 122.34° |
dc | 16.58Å |
Docking angle | 22.77° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7rm4_ST | 104.23° | 72.87° | -60.50° | 77.34° | 122.23° | 16.36Å | 1.3 |
1g6r_DC | 104.52° | 72.37° | -60.12° | 78.00° | 121.40° | 16.31Å | 1.3 |
4pj9_DC | 104.86° | 71.22° | -60.09° | 78.08° | 123.45° | 16.71Å | 1.7 |
1g6r_BA | 105.58° | 72.55° | -59.43° | 78.98° | 121.63° | 16.41Å | 1.9 |
6uz1_JI | 103.24° | 72.55° | -60.29° | 76.44° | 122.02° | 16.41Å | 2.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.8 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.1 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.1 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.4 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | EQYKFYSV |
Antigen Length | 8 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | I | M |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.45° |
BC1 | 71.03° |
BA | -61.78° |
AC2 | 74.81° |
AC1 | 119.86° |
dc | 16.59Å |
Docking angle | 26.23° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5tez_JI | 104.37° | 71.65° | -61.90° | 74.92° | 122.39° | 16.18Å | 2.8 |
3qeq_ED | 103.07° | 72.87° | -62.60° | 75.79° | 121.69° | 16.17Å | 2.9 |
3gsn_BA | 104.39° | 70.48° | -61.77° | 74.25° | 122.78° | 16.81Å | 3.2 |
6uz1_JI | 103.24° | 72.55° | -60.29° | 76.44° | 122.02° | 16.41Å | 3.5 |
4x6d_HG | 106.02° | 72.33° | -61.93° | 75.96° | 122.76° | 16.56Å | 4.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.8 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 7.2 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 8.0 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 8.5 |
3c5s_DC | 111.31° | 70.69° | -64.78° | 76.68° | 118.02° | 16.30Å | 8.8 |