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Structure of the 2C/Ld/Ql9 allogeneic complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 2oi9 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.35Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | C |
VA chain | B |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | QLSPFPFDL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | C | FASTA file |
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VA | B | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSGFASALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.42° |
BC1 | 72.96° |
BA | -60.02° |
AC2 | 81.13° |
AC1 | 125.10° |
dc | 16.47Å |
Docking angle | 48.24° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2e7l_CB | 104.72° | 71.98° | -59.47° | 80.72° | 125.33° | 16.84Å | 1.3 |
3e3q_NM | 103.85° | 71.84° | -59.79° | 81.45° | 125.08° | 16.85Å | 1.4 |
6puk_ED | 103.74° | 72.74° | -60.61° | 80.55° | 124.32° | 16.82Å | 1.4 |
3e3q_ED | 103.32° | 72.06° | -59.90° | 80.87° | 125.10° | 16.80Å | 1.5 |
5d5m_HG | 104.87° | 72.45° | -60.33° | 80.50° | 124.02° | 16.77Å | 1.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 6.9 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.2 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.4 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.6 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 7.7 |