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Structure of the M67 High-affinity Mutant of the 2C TCR in complex with Ld/Ql9
Item | Info |
---|---|
PDB | 3e2h |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.8Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | C |
VA chain | B |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | QLSPFPFDL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | C | FASTA file |
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VA | B | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSLERPYLT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.69° |
BC1 | 73.41° |
BA | -60.12° |
AC2 | 80.34° |
AC1 | 124.94° |
dc | 16.55Å |
Docking angle | 46.41° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4y1a_ED | 106.20° | 71.83° | -60.17° | 79.83° | 124.12° | 16.73Å | 1.9 |
6xco_ED | 106.09° | 72.66° | -60.59° | 81.18° | 123.57° | 16.24Å | 2.0 |
4pj7_HG | 105.25° | 72.70° | -59.22° | 80.59° | 124.15° | 16.85Å | 2.0 |
8i5c_sr | 106.29° | 72.86° | -60.56° | 78.49° | 123.86° | 16.65Å | 2.3 |
5d5m_HG | 104.87° | 72.45° | -60.33° | 80.50° | 124.02° | 16.77Å | 2.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 5.6 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 5.9 |
3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 6.4 |
1a4j_BA | 111.30° | 72.70° | -61.42° | 83.26° | 121.98° | 16.50Å | 6.4 |
2dbl_HL | 110.84° | 73.37° | -61.14° | 82.14° | 120.45° | 16.63Å | 6.5 |