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Crystal Structure of Cf34 TCR in complex with HLA-B8/Flr
Item | Info |
---|---|
PDB | 3ffc |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV11/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ49 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | FLRGRAYGL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0801 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSFTWTSGGATDTQY | None | 16 |
CDRB2 | FQNNGV | None | 6 |
CDRB1 | SGHAT | None | 5 |
CDRA3 | AMREDTGNQFY | None | 11 |
CDRA2 | QGSYDQGN | None | 8 |
CDRA1 | TSDPSYG | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.47° |
BC1 | 75.23° |
BA | -60.83° |
AC2 | 86.02° |
AC1 | 124.91° |
dc | 15.35Å |
Docking angle | 28.33° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6xc9_ED | 103.47° | 74.34° | -60.13° | 84.82° | 124.02° | 15.88Å | 2.2 |
6p64_JI | 102.94° | 73.68° | -61.72° | 87.44° | 125.40° | 16.77Å | 3.1 |
1fo0_BA | 105.44° | 76.74° | -60.56° | 84.36° | 122.98° | 15.65Å | 3.1 |
6uk2_ED | 104.60° | 75.28° | -60.62° | 83.33° | 123.40° | 16.30Å | 3.2 |
6xc9_JI | 103.16° | 74.32° | -60.81° | 84.60° | 122.61° | 15.91Å | 3.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.7 |
3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 8.3 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 8.4 |
1a4j_BA | 111.30° | 72.70° | -61.42° | 83.26° | 121.98° | 16.50Å | 8.4 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 8.6 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV11/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ49 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | FLRGRAYGL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0801 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSFTWTSGGATDTQY | None | 16 |
CDRB2 | FQNNGV | None | 6 |
CDRB1 | SGHAT | None | 5 |
CDRA3 | AMREDTGNQFY | None | 11 |
CDRA2 | QGSYDQGN | None | 8 |
CDRA1 | TSDPSYG | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.86° |
BC1 | 75.46° |
BA | -60.90° |
AC2 | 85.32° |
AC1 | 124.06° |
dc | 15.35Å |
Docking angle | 29.78° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6xc9_ED | 103.47° | 74.34° | -60.13° | 84.82° | 124.02° | 15.88Å | 1.6 |
6xc9_JI | 103.16° | 74.32° | -60.81° | 84.60° | 122.61° | 15.91Å | 2.2 |
6uk2_ED | 104.60° | 75.28° | -60.62° | 83.33° | 123.40° | 16.30Å | 2.4 |
1fo0_BA | 105.44° | 76.74° | -60.56° | 84.36° | 122.98° | 15.65Å | 2.5 |
6uk4_ED | 103.96° | 75.02° | -60.42° | 82.42° | 123.81° | 16.23Å | 3.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.4 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 8.2 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 8.3 |
1a4j_BA | 111.30° | 72.70° | -61.42° | 83.26° | 121.98° | 16.50Å | 8.6 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 8.6 |