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Structure of Human Mr1-ac-6-Fp in complex with Human Mait C-a11 TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 4pjx |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.25Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A | A |
Antigen Type | Unknown |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL; N-(6-FORMYL-4-OXO-3,4-DIHYDROPTERIDIN-2-YL)ACETAMIDE |
Antigen residue | B3P | 30W |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSAAVEGGNTIY | None | 13 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVRDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.82° |
BC1 | 72.61° |
BA | -59.27° |
AC2 | 80.63° |
AC1 | 124.00° |
dc | 16.56Å |
Docking angle | 56.05° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6pug_ED | 103.58° | 72.88° | -60.35° | 80.20° | 123.58° | 16.68Å | 1.3 |
5u1r_GB | 103.39° | 73.02° | -60.50° | 80.34° | 124.17° | 16.71Å | 1.4 |
5d7j_HG | 104.60° | 72.67° | -60.32° | 80.40° | 123.64° | 16.71Å | 1.4 |
6puk_ED | 103.74° | 72.74° | -60.61° | 80.55° | 124.32° | 16.82Å | 1.4 |
3e3q_ED | 103.32° | 72.06° | -59.90° | 80.87° | 125.10° | 16.80Å | 1.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.4 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.6 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.6 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.6 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.7 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C | C |
Antigen Type | Unknown |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL; N-(6-FORMYL-4-OXO-3,4-DIHYDROPTERIDIN-2-YL)ACETAMIDE |
Antigen residue | B3P | 30W |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSAAVEGGNTIY | None | 13 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVRDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.62° |
BC1 | 73.12° |
BA | -62.91° |
AC2 | 78.97° |
AC1 | 123.27° |
dc | 16.44Å |
Docking angle | 58.74° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4pj7_FE | 104.93° | 73.02° | -62.94° | 79.01° | 123.61° | 16.69Å | 0.5 |
5d5m_FE | 104.63° | 72.97° | -63.14° | 79.47° | 123.36° | 16.58Å | 0.6 |
5d7j_BA | 103.93° | 72.68° | -63.07° | 79.25° | 122.97° | 16.57Å | 0.9 |
5u1r_ED | 104.10° | 73.42° | -63.68° | 78.68° | 123.26° | 16.55Å | 1.0 |
4pja_HG | 104.00° | 72.79° | -63.36° | 79.29° | 123.58° | 16.70Å | 1.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.2 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.3 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.5 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.7 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 6.9 |