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1E6 TCR in complex with HLA-A02 Carrying Yqfgpdfpia
Item | Info |
---|---|
PDB | 5c07 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.11Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | YQFGPDFPIA |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLWEKLAKNIQY | None | 14 |
CDRB2 | FNNNVP | None | 6 |
CDRB1 | SGHDY | None | 5 |
CDRA3 | AMRGDSSYKLI | None | 11 |
CDRA2 | TYSSGN | A2-6-B | 6 |
CDRA1 | NSAFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 112.10° |
BC1 | 80.10° |
BA | -60.76° |
AC2 | 80.35° |
AC1 | 122.08° |
dc | 15.77Å |
Docking angle | 43.73° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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5c0b_JI | 112.28° | 80.10° | -60.73° | 80.73° | 121.94° | 15.83Å | 0.4 |
5c08_ED | 111.93° | 80.00° | -60.13° | 80.39° | 121.87° | 15.78Å | 0.7 |
5c0c_ED | 112.16° | 79.79° | -60.27° | 81.04° | 122.31° | 15.89Å | 0.9 |
5c0a_JI | 110.98° | 79.72° | -61.04° | 79.90° | 122.30° | 15.78Å | 1.3 |
5c09_ED | 111.57° | 79.81° | -62.04° | 79.86° | 122.26° | 15.76Å | 1.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3cvh_QR | 113.65° | 77.38° | -59.58° | 79.78° | 118.82° | 15.93Å | 4.7 |
4jkp_HL | 113.93° | 77.37° | -58.92° | 82.11° | 124.47° | 15.16Å | 4.8 |
1dlf_HL | 110.03° | 78.05° | -59.13° | 79.41° | 118.65° | 15.73Å | 4.9 |
3u7y_HL | 113.61° | 76.93° | -60.36° | 81.15° | 125.35° | 15.13Å | 4.9 |
2dlf_HL | 110.76° | 78.47° | -60.69° | 79.06° | 117.44° | 15.78Å | 5.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | YQFGPDFPIA |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLWEKLAKNIQY | None | 14 |
CDRB2 | FNNNVP | None | 6 |
CDRB1 | SGHDY | None | 5 |
CDRA3 | AMRGDSSYKLI | None | 11 |
CDRA2 | TYSSGN | A2-6-B | 6 |
CDRA1 | NSAFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 111.32° |
BC1 | 79.91° |
BA | -60.76° |
AC2 | 81.71° |
AC1 | 122.19° |
dc | 15.85Å |
Docking angle | 43.96° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5c0c_JI | 111.80° | 79.68° | -60.41° | 81.66° | 122.42° | 15.89Å | 0.7 |
5c08_JI | 111.51° | 79.52° | -60.13° | 81.85° | 122.01° | 15.86Å | 0.8 |
5c0b_ED | 111.82° | 79.76° | -60.18° | 82.23° | 122.29° | 15.88Å | 0.9 |
5c09_JI | 111.34° | 79.36° | -61.57° | 81.44° | 122.47° | 15.87Å | 1.1 |
5c0a_ED | 110.76° | 79.27° | -60.64° | 81.16° | 122.52° | 15.82Å | 1.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4jkp_HL | 113.93° | 77.37° | -58.92° | 82.11° | 124.47° | 15.16Å | 4.7 |
3u7y_HL | 113.61° | 76.93° | -60.36° | 81.15° | 125.35° | 15.13Å | 5.0 |
1dlf_HL | 110.03° | 78.05° | -59.13° | 79.41° | 118.65° | 15.73Å | 5.1 |
3cvh_QR | 113.65° | 77.38° | -59.58° | 79.78° | 118.82° | 15.93Å | 5.3 |
3ncy_PS | 112.64° | 76.63° | -61.62° | 81.39° | 118.27° | 15.77Å | 5.4 |