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Structure of Human Mait a-F7 TCR in complex with Human Mr1-2`Oh-Ethyl-5-Op-U
Item | Info |
---|---|
PDB | 6pug |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.8Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 6-[(2-hydroxyethyl)amino]-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione |
Antigen residue | OZD |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | F |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.58° |
BC1 | 72.88° |
BA | -60.35° |
AC2 | 80.20° |
AC1 | 123.58° |
dc | 16.68Å |
Docking angle | 59.03° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4lcw_HG | 103.72° | 72.86° | -60.75° | 80.64° | 123.76° | 16.70Å | 0.6 |
5u1r_GB | 103.39° | 73.02° | -60.50° | 80.34° | 124.17° | 16.71Å | 0.7 |
5u2v_HG | 103.41° | 73.12° | -60.86° | 80.15° | 123.89° | 16.70Å | 0.7 |
5u16_FE | 103.70° | 73.32° | -60.51° | 80.39° | 124.12° | 16.73Å | 0.8 |
5u72_ED | 103.48° | 73.06° | -60.73° | 80.36° | 124.26° | 16.64Å | 0.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 7.3 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.5 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 7.6 |
4hxb_HL | 109.66° | 72.24° | -59.19° | 82.14° | 119.35° | 16.41Å | 7.8 |
5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 7.9 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | 6-[(2-hydroxyethyl)amino]-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione |
Antigen residue | OZD |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MR1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | MR1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSVWTGEGSGELF | None | 14 |
CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
CDRA3 | AVKDSNYQLI | None | 10 |
CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.46° |
BC1 | 73.79° |
BA | -63.36° |
AC2 | 78.77° |
AC1 | 122.39° |
dc | 16.54Å |
Docking angle | 60.44° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5u1r_ED | 104.10° | 73.42° | -63.68° | 78.68° | 123.26° | 16.55Å | 1.1 |
5d7i_FE | 103.88° | 72.92° | -63.55° | 78.71° | 122.94° | 16.52Å | 1.2 |
4pjx_HG | 104.62° | 73.12° | -62.91° | 78.97° | 123.27° | 16.44Å | 1.2 |
5u17_ED | 104.39° | 73.83° | -64.46° | 78.84° | 123.15° | 16.51Å | 1.3 |
6pum_HG | 104.01° | 73.74° | -64.41° | 79.00° | 123.07° | 16.55Å | 1.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 6.0 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.2 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.4 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.5 |
1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 6.8 |