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Crystal Structure of a TCR in complex with HLA-A*11:01 Bound to Kras G12D Peptide (Vvvgadgvgk)
Item | Info |
---|---|
PDB | 7ow6 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.64Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV19/TRAJ28 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VVVGADGVGK |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASKVGPGQHNSPLH | None | 14 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AMSVPSGDGSYQFT | None | 14 |
CDRA2 | QPWWGEQN | None | 8 |
CDRA1 | TRDTAYY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.49° |
BC1 | 72.80° |
BA | -58.89° |
AC2 | 79.33° |
AC1 | 124.44° |
dc | 16.95Å |
Docking angle | 48.66° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7ow5_ED | 102.88° | 72.70° | -58.86° | 79.21° | 125.23° | 17.12Å | 0.9 |
4pjc_FE | 102.47° | 72.37° | -59.74° | 79.13° | 123.72° | 16.65Å | 1.2 |
5iw1_FE | 102.75° | 72.60° | -57.69° | 79.29° | 125.17° | 17.16Å | 1.5 |
4pjx_FE | 103.82° | 72.61° | -59.27° | 80.63° | 124.00° | 16.56Å | 2.0 |
5u1r_GB | 103.39° | 73.02° | -60.50° | 80.34° | 124.17° | 16.71Å | 2.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.7 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.9 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.9 |
1nma_HL | 109.88° | 72.48° | -61.03° | 81.63° | 120.29° | 16.40Å | 9.1 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.2 |