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Crystal Structure of complex Between D10 TCR and PMHC I-ak/Ca
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 1d9k |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.2Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ56 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | P |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
| Antigen Sequence | GNSHRGAIEWEGIESG |
| Antigen Length | 16 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA*02 / H2-ABk |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGGQGRAEQF | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AATGSFNKLT | None | 10 |
| CDRA2 | ISLVSNK | None | 7 |
| CDRA1 | DSTFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 110.02° |
| BC1 | 72.46° |
| BA | -64.28° |
| AC2 | 73.85° |
| AC1 | 124.11° |
| dc | 16.70Å |
| Docking angle | 51.57° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 1.6 |
| 4p46_BA | 108.81° | 71.44° | -65.09° | 73.62° | 124.48° | 16.80Å | 1.8 |
| 4n0c_DC | 109.77° | 71.54° | -64.83° | 74.82° | 122.75° | 16.47Å | 2.0 |
| 4p23_BA | 108.62° | 71.76° | -65.31° | 73.30° | 124.36° | 16.71Å | 2.0 |
| 3rdt_BA | 108.47° | 71.61° | -65.20° | 73.43° | 124.44° | 16.68Å | 2.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.7 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.7 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.9 |
| 1dvf_DC | 114.14° | 72.16° | -63.08° | 77.80° | 122.38° | 15.86Å | 6.1 |
| 1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 6.2 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ56 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | Q |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
| Antigen Sequence | GNSHRGAIEWEGIESG |
| Antigen Length | 16 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | G | H |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA*02 / H2-ABk |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGGQGRAEQF | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AATGSFNKLT | None | 10 |
| CDRA2 | ISLVSNK | None | 7 |
| CDRA1 | DSTFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 110.68° |
| BC1 | 72.21° |
| BA | -62.85° |
| AC2 | 71.96° |
| AC1 | 124.87° |
| dc | 16.59Å |
| Docking angle | 51.67° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5e6i_LF | 110.43° | 71.17° | -60.84° | 72.67° | 125.00° | 17.08Å | 2.4 |
| 5e6i_HG | 109.32° | 70.63° | -61.83° | 71.75° | 124.34° | 17.06Å | 2.4 |
| 4p46_BA | 108.81° | 71.44° | -65.09° | 73.62° | 124.48° | 16.80Å | 3.5 |
| 4p23_BA | 108.62° | 71.76° | -65.31° | 73.30° | 124.36° | 16.71Å | 3.5 |
| 1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 3.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.0 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.5 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 7.0 |
| 1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 7.3 |
| 1dvf_DC | 114.14° | 72.16° | -63.08° | 77.80° | 122.38° | 15.86Å | 7.3 |