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Crystal Structure of a complex of a Human alpha/Beta-T Cell Receptor, influenza Ha antigen Peptide, and MHC Class Ii Molecule, HLA-Dr1
Item | Info |
---|---|
PDB | 1fyt |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.6Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV28/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV8/TRAJ48 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | H3N2 SUBTYPE |
Antigen Sequence | PKYVKQNTLKLAT |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSSTGLPYGYT | None | 12 |
CDRB2 | SYDVKM | None | 6 |
CDRB1 | MDHEN | None | 5 |
CDRA3 | AVSESPFGNEKLT | A3-13-E | 13 |
CDRA2 | YTSAATLV | A2-8-C | 8 |
CDRA1 | SSVPPY | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 106.67° |
BC1 | 75.83° |
BA | -57.79° |
AC2 | 71.33° |
AC1 | 121.76° |
dc | 16.54Å |
Docking angle | 46.62° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6fr7_BA | 105.14° | 75.84° | -58.95° | 71.38° | 122.35° | 16.21Å | 2.0 |
1j8h_ED | 106.56° | 77.05° | -56.33° | 72.65° | 121.43° | 16.57Å | 2.3 |
4gkz_BA | 105.05° | 75.56° | -58.82° | 71.13° | 122.89° | 16.12Å | 2.3 |
6fr8_BA | 104.97° | 75.89° | -58.54° | 71.89° | 123.22° | 16.26Å | 2.4 |
6fr6_BA | 105.42° | 75.28° | -58.35° | 72.29° | 123.61° | 16.47Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.4 |
1dlf_HL | 110.03° | 78.05° | -59.13° | 79.41° | 118.65° | 15.73Å | 9.7 |
3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 9.8 |