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the Crystal Structure of Lc13 TCR in complex with Hlab8-Ebv Peptide complex
Item | Info |
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PDB | 1mi5 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV26/TRAJ52 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | FLRGRAYGL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0801 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLGQAYEQY | None | 11 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
CDRA3 | ILPLAGGTSYGKLT | None | 14 |
CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
Angle | Value |
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BC2 | 109.30° |
BC1 | 72.73° |
BA | -63.43° |
AC2 | 87.70° |
AC1 | 131.17° |
dc | 17.09Å |
Docking angle | 42.75° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 1.5 |
3kps_ED | 108.71° | 71.81° | -63.92° | 89.41° | 132.56° | 17.63Å | 2.6 |
4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 2.9 |
4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.0 |
3dxa_ON | 112.06° | 72.11° | -62.92° | 87.81° | 130.26° | 18.12Å | 3.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 9.5 |
4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 9.8 |
2w65_AB | 112.61° | 73.10° | -59.37° | 85.00° | 123.28° | 16.61Å | 9.9 |
4s1q_HL | 115.45° | 75.99° | -60.47° | 82.99° | 127.28° | 15.31Å | 9.9 |
4ydv_BA | 114.33° | 72.59° | -62.69° | 84.07° | 123.51° | 16.29Å | 9.9 |