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the Crystal Structure of Lc13 TCR in complex with Hlab8-Ebv Peptide complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 1mi5 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.5Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ52 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | FLRGRAYGL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*0801 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLGQAYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | ILPLAGGTSYGKLT | None | 14 |
| CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 109.30° |
| BC1 | 72.73° |
| BA | -63.43° |
| AC2 | 87.70° |
| AC1 | 131.17° |
| dc | 17.09Å |
| Docking angle | 42.75° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 1.5 |
| 3kps_ED | 108.71° | 71.81° | -63.92° | 89.41° | 132.56° | 17.63Å | 2.6 |
| 4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 2.9 |
| 4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.0 |
| 3dxa_ON | 112.06° | 72.11° | -62.92° | 87.81° | 130.26° | 18.12Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 9.5 |
| 4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 9.8 |
| 2w65_AB | 112.61° | 73.10° | -59.37° | 85.00° | 123.28° | 16.61Å | 9.9 |
| 4s1q_HL | 115.45° | 75.99° | -60.47° | 82.99° | 127.28° | 15.31Å | 9.9 |
| 4ydv_BA | 114.33° | 72.59° | -62.69° | 84.07° | 123.51° | 16.29Å | 9.9 |