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an alpha-Beta T Cell Receptor (TCR) Heterodimer in complex with an anti-TCR Fab Fragment Derived From a Mitogenic antibody
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 1nfd |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.8Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ40 |
| Species | mouse |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLRWGDEQY | None | 11 |
| CDRB2 | HYEKVE | None | 6 |
| CDRB1 | SGHSN | None | 5 |
| CDRA3 | ALSEGGNYKYV | None | 11 |
| CDRA2 | SSTDNKR | None | 7 |
| CDRA1 | TTYLTIA | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.62° |
| BC1 | 72.94° |
| BA | -51.39° |
| AC2 | 79.73° |
| AC1 | 127.94° |
| dc | 16.91Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6vma_ED | 100.95° | 70.51° | -52.18° | 80.98° | 126.53° | 17.19Å | 3.6 |
| 6vmc_ED | 100.88° | 70.42° | -52.90° | 80.33° | 126.96° | 17.14Å | 3.6 |
| 6py2_ED | 106.09° | 73.09° | -52.34° | 79.71° | 126.93° | 16.77Å | 3.7 |
| 4qrp_LK | 101.65° | 74.60° | -53.08° | 81.91° | 125.88° | 16.97Å | 3.9 |
| 6vm9_ED | 101.11° | 71.23° | -53.89° | 80.26° | 126.06° | 16.94Å | 3.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.9 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.9 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.2 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ40 |
| Species | mouse |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLRWGDEQY | None | 11 |
| CDRB2 | HYEKVE | None | 6 |
| CDRB1 | SGHSN | None | 5 |
| CDRA3 | ALSEGGNYKYV | None | 11 |
| CDRA2 | SSTDNKR | None | 7 |
| CDRA1 | TTYLTIA | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.71° |
| BC1 | 72.76° |
| BA | -53.95° |
| AC2 | 78.25° |
| AC1 | 126.45° |
| dc | 16.86Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6vm9_ED | 101.11° | 71.23° | -53.89° | 80.26° | 126.06° | 16.94Å | 2.6 |
| 5ksb_HG | 100.64° | 72.26° | -54.88° | 80.22° | 125.62° | 16.39Å | 2.7 |
| 5ksb_FE | 100.41° | 72.25° | -54.96° | 79.93° | 125.35° | 16.44Å | 2.7 |
| 7ea6_BA | 102.15° | 75.20° | -54.88° | 77.43° | 125.68° | 16.05Å | 3.0 |
| 4eup_HG | 100.47° | 71.36° | -55.50° | 80.20° | 125.61° | 16.91Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.8 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.2 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.4 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.5 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.6 |