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Crystal Structure of Mouse TCR 172.10 complexed with MHC Class Ii I-au Molecule at 2.4 a
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 1u3h |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.42Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ13 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | P |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | SRGGASQYRPSQ |
| Antigen Length | 12 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA-N2W / H2-ABu |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDAGGGYEQY | None | 12 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AASANSGTYQR | None | 11 |
| CDRA2 | ILSVSDK | None | 7 |
| CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 109.33° |
| BC1 | 71.68° |
| BA | -64.54° |
| AC2 | 73.89° |
| AC1 | 122.91° |
| dc | 16.82Å |
| Docking angle | 41.85° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4n0c_DC | 109.77° | 71.54° | -64.83° | 74.82° | 122.75° | 16.47Å | 1.1 |
| 4p5t_FE | 108.86° | 72.42° | -64.20° | 75.08° | 122.58° | 16.54Å | 1.6 |
| 1d9k_BA | 110.02° | 72.46° | -64.28° | 73.85° | 124.11° | 16.70Å | 1.6 |
| 4p46_BA | 108.81° | 71.44° | -65.09° | 73.62° | 124.48° | 16.80Å | 1.8 |
| 3rdt_BA | 108.47° | 71.61° | -65.20° | 73.43° | 124.44° | 16.68Å | 1.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.3 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.7 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.7 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 6.0 |
| 3c5s_DC | 111.31° | 70.69° | -64.78° | 76.68° | 118.02° | 16.30Å | 6.1 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ13 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | I |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | SRGGASQYRPSQ |
| Antigen Length | 12 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | G | H |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA-N2W / H2-ABu |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDAGGGYEQY | None | 12 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AASANSGTYQR | None | 11 |
| CDRA2 | ILSVSDK | None | 7 |
| CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.39° |
| BC1 | 72.28° |
| BA | -61.98° |
| AC2 | 75.12° |
| AC1 | 124.59° |
| dc | 16.64Å |
| Docking angle | 40.04° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2xn9_BA | 105.51° | 72.32° | -61.82° | 74.17° | 124.46° | 16.45Å | 2.1 |
| 7f5k_DC | 106.07° | 71.79° | -62.77° | 75.29° | 123.23° | 16.79Å | 2.1 |
| 4x6d_HG | 106.02° | 72.33° | -61.93° | 75.96° | 122.76° | 16.56Å | 2.4 |
| 3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 2.5 |
| 3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 2.6 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.8 |
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 6.4 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.9 |
| 1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 7.0 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 7.1 |