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TCR/HLA-Dr2B/Mbp-Peptide complex
Item | Info |
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PDB | 1ymm |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ40 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | ENPVVHFFKNIVTPRGGSGGGGG |
Antigen Length | 23 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*1501 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | SARDLTSGANNEQF | None | 14 |
CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
CDRA3 | ATDTTSGTYKYI | None | 12 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
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BC2 | 102.52° |
BC1 | 73.47° |
BA | -48.86° |
AC2 | 81.32° |
AC1 | 123.63° |
dc | 15.82Å |
Docking angle | 82.52° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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2wbj_HG | 100.50° | 73.05° | -50.30° | 80.42° | 123.42° | 15.89Å | 2.7 |
5fka_BA | 103.41° | 72.55° | -49.57° | 85.03° | 124.03° | 15.76Å | 4.0 |
2wbj_DC | 99.41° | 72.30° | -50.37° | 79.57° | 123.87° | 16.12Å | 4.1 |
4jrx_ED | 100.99° | 73.66° | -50.19° | 77.76° | 123.06° | 15.83Å | 4.1 |
2ak4_PN | 103.72° | 72.78° | -49.18° | 77.02° | 123.05° | 16.06Å | 4.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.4 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.0 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.3 |
5aum_HL | 107.30° | 70.43° | -45.53° | 83.77° | 117.71° | 16.10Å | 9.2 |
1cft_BA | 107.61° | 67.68° | -51.49° | 84.71° | 119.99° | 16.31Å | 9.6 |