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Crystal Structure of 3a6 TCR Bound to Mbp/HLA-Dr2a
Item | Info |
---|---|
PDB | 1zgl |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | P |
VA chain | M |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | P | FASTA file |
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VA | M | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.89° |
BC1 | 74.82° |
BA | -54.13° |
AC2 | 81.91° |
AC1 | 124.29° |
dc | 16.53Å |
Docking angle | 39.76° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 3.0 |
3mbe_HG | 106.17° | 75.59° | -53.78° | 80.04° | 122.03° | 15.91Å | 3.1 |
3mbe_DC | 105.96° | 75.46° | -53.75° | 79.63° | 121.96° | 15.91Å | 3.4 |
7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 3.5 |
5nmd_BA | 107.41° | 73.15° | -54.33° | 82.40° | 121.57° | 15.95Å | 3.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 4.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.1 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.6 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.3 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | R |
VA chain | Q |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | F |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | D | E |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | R | FASTA file |
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VA | Q | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.44° |
BC1 | 74.39° |
BA | -54.18° |
AC2 | 81.09° |
AC1 | 125.15° |
dc | 16.57Å |
Docking angle | 39.90° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 2.9 |
7pbe_JI | 106.09° | 72.32° | -55.89° | 79.51° | 124.71° | 16.52Å | 3.2 |
6py2_ED | 106.09° | 73.09° | -52.34° | 79.71° | 126.93° | 16.77Å | 3.2 |
7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 3.4 |
8pjg_ED | 107.15° | 76.54° | -55.23° | 79.04° | 124.10° | 15.99Å | 3.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.2 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.3 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 5.8 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.7 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | T |
VA chain | S |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | I |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | G | H |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | T | FASTA file |
|
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VA | S | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.02° |
BC1 | 74.36° |
BA | -54.43° |
AC2 | 81.32° |
AC1 | 124.92° |
dc | 16.43Å |
Docking angle | 40.61° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 2.6 |
7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 3.0 |
7pbe_JI | 106.09° | 72.32° | -55.89° | 79.51° | 124.71° | 16.52Å | 3.1 |
6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 3.2 |
5wkf_JI | 104.85° | 73.91° | -55.54° | 78.85° | 123.53° | 15.85Å | 3.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.3 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.3 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.1 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.6 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | V |
VA chain | U |
VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | L |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | J | K |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | V | FASTA file |
|
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VA | U | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.45° |
BC1 | 74.32° |
BA | -54.76° |
AC2 | 81.33° |
AC1 | 124.17° |
dc | 16.62Å |
Docking angle | 41.48° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 2.1 |
7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 2.5 |
6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 2.8 |
5wkf_JI | 104.85° | 73.91° | -55.54° | 78.85° | 123.53° | 15.85Å | 2.9 |
7pbe_JI | 106.09° | 72.32° | -55.89° | 79.51° | 124.71° | 16.52Å | 3.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 4.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.2 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.3 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.4 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 6.6 |