Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Crystal Structure of 3a6 TCR Bound to Mbp/HLA-Dr2a
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 1zgl |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.8Å |
| Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | P |
| VA chain | M |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | P | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | M | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
| CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
| CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
| CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.89° |
| BC1 | 74.82° |
| BA | -54.13° |
| AC2 | 81.91° |
| AC1 | 124.29° |
| dc | 16.53Å |
| Docking angle | 39.76° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 3.0 |
| 3mbe_HG | 106.17° | 75.59° | -53.78° | 80.04° | 122.03° | 15.91Å | 3.1 |
| 3mbe_DC | 105.96° | 75.46° | -53.75° | 79.63° | 121.96° | 15.91Å | 3.4 |
| 7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 3.5 |
| 5nmd_BA | 107.41° | 73.15° | -54.33° | 82.40° | 121.57° | 15.95Å | 3.6 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 4.9 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.1 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.6 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.3 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | R |
| VA chain | Q |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | F |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | D | E |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | R | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | Q | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
| CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
| CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
| CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.44° |
| BC1 | 74.39° |
| BA | -54.18° |
| AC2 | 81.09° |
| AC1 | 125.15° |
| dc | 16.57Å |
| Docking angle | 39.90° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 2.9 |
| 7pbe_JI | 106.09° | 72.32° | -55.89° | 79.51° | 124.71° | 16.52Å | 3.2 |
| 6py2_ED | 106.09° | 73.09° | -52.34° | 79.71° | 126.93° | 16.77Å | 3.2 |
| 7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 3.4 |
| 8pjg_ED | 107.15° | 76.54° | -55.23° | 79.04° | 124.10° | 15.99Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.2 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.2 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.3 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 5.8 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | T |
| VA chain | S |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | I |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | G | H |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | T | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | S | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
| CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
| CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
| CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.02° |
| BC1 | 74.36° |
| BA | -54.43° |
| AC2 | 81.32° |
| AC1 | 124.92° |
| dc | 16.43Å |
| Docking angle | 40.61° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 2.6 |
| 7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 3.0 |
| 7pbe_JI | 106.09° | 72.32° | -55.89° | 79.51° | 124.71° | 16.52Å | 3.1 |
| 6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 3.2 |
| 5wkf_JI | 104.85° | 73.91° | -55.54° | 78.85° | 123.53° | 15.85Å | 3.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.2 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.3 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.3 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.1 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | V |
| VA chain | U |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ12 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | L |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VHFFKNIVTPRTPGG |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | J | K |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB5*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | V | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | U | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLADRVNTEAF | None | 13 |
| CDRB2 | YFNETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | ALSGGDSSYKLI | None | 12 |
| CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
| CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.45° |
| BC1 | 74.32° |
| BA | -54.76° |
| AC2 | 81.33° |
| AC1 | 124.17° |
| dc | 16.62Å |
| Docking angle | 41.48° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 2.1 |
| 7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 2.5 |
| 6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 2.8 |
| 5wkf_JI | 104.85° | 73.91° | -55.54° | 78.85° | 123.53° | 15.85Å | 2.9 |
| 7pbe_JI | 106.09° | 72.32° | -55.89° | 79.51° | 124.71° | 16.52Å | 3.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 4.9 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.2 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.3 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.4 |
| 3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 6.6 |