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Structure and Binding Kinetics of Three Different Human CD1D-alpha- Galactosylceramide-Specific T Cell Receptors (TCR 5E)
Item | Info |
---|---|
PDB | 2cdf |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.25Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV27/TRAJ18 |
Species | human |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSEFRDGNEKLF | None | 13 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | AGADRGSTLGRLY | None | 13 |
CDRA2 | VVTGGEV | None | 7 |
CDRA1 | SVFSS | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.27° |
BC1 | 71.38° |
BA | -67.40° |
AC2 | 72.79° |
AC1 | 118.99° |
dc | 16.70Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6vmx_JI | 98.32° | 72.14° | -68.27° | 72.16° | 119.17° | 16.56Å | 1.6 |
6vmx_ED | 97.91° | 72.02° | -69.60° | 71.42° | 119.51° | 16.44Å | 3.1 |
5d7l_HG | 100.58° | 73.05° | -69.45° | 73.19° | 120.48° | 16.93Å | 3.3 |
5sws_ED | 98.74° | 73.37° | -69.99° | 73.69° | 118.68° | 16.27Å | 3.5 |
8trr_JI | 99.87° | 73.06° | -65.71° | 71.66° | 121.96° | 16.33Å | 4.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.1 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.5 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 8.6 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 9.3 |