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Structure and Binding Kinetics of Three Different Human CD1D-alpha- Galactosylceramide-Specific T Cell Receptors (TCR 5B)
Item | Info |
---|---|
PDB | 2cdg |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.6Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ18 |
Species | human |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSESRTGINYGYT | None | 14 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | APFDRGSTLGRLY | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 101.93° |
BC1 | 71.70° |
BA | -70.24° |
AC2 | 76.68° |
AC1 | 122.64° |
dc | 16.70Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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5swz_ON | 102.92° | 72.97° | -69.95° | 76.37° | 122.18° | 16.87Å | 1.7 |
5d7l_ED | 101.37° | 72.18° | -70.30° | 75.68° | 121.34° | 16.81Å | 1.8 |
5swz_ED | 102.97° | 72.96° | -69.53° | 75.98° | 122.86° | 16.87Å | 1.9 |
6cph_ED | 101.06° | 72.18° | -68.60° | 78.32° | 121.19° | 15.56Å | 3.1 |
5swz_JI | 101.31° | 73.66° | -71.00° | 74.12° | 121.61° | 16.68Å | 3.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 5.9 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 6.9 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 7.2 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.4 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 9.3 |