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Directed Evolution of Human T-Cell Receptor Cdr2 Residues By Phage Display Dramatically Enhances affinity For Cognate Peptide-MHC without apparent Cross-Reactivity
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 2f53 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.1Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV21/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | SLLMWITQC |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYVGNTGELF | None | 12 |
| CDRB2 | SVSVGM | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVRPTSGGSYIPT | None | 13 |
| CDRA2 | IPFWQRE | None | 7 |
| CDRA1 | DSAIYN | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 98.66° |
| BC1 | 70.55° |
| BA | -45.38° |
| AC2 | 89.09° |
| AC1 | 123.08° |
| dc | 17.05Å |
| Docking angle | 66.12° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2f54_ED | 98.01° | 69.94° | -45.79° | 89.54° | 123.82° | 17.23Å | 1.3 |
| 2pye_ED | 99.75° | 70.55° | -44.88° | 88.10° | 123.21° | 17.40Å | 1.6 |
| 6q3s_ED | 98.41° | 70.06° | -44.57° | 89.80° | 124.11° | 17.21Å | 1.6 |
| 2p5w_ED | 99.57° | 70.45° | -44.08° | 88.69° | 123.18° | 17.26Å | 1.7 |
| 2p5e_ED | 99.36° | 69.92° | -44.56° | 87.86° | 123.35° | 17.00Å | 1.8 |