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the complex Between TCR a6 and Human Class I MHC HLA-A2 with the Modified Htlv-1 Tax (Y5K-4-[3-indolyl]-Butyric acid) Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 2gj6 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.56Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ24 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | |
Antigen Sequence | LLFGKPVYV |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASRPGLAGGRPEQY | None | 14 |
CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVTTDSWGKLQ | A3-11-C | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.49° |
BC1 | 70.12° |
BA | -55.19° |
AC2 | 80.35° |
AC1 | 125.00° |
dc | 17.00Å |
Docking angle | 36.06° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4eup_HG | 100.47° | 71.36° | -55.50° | 80.20° | 125.61° | 16.91Å | 1.4 |
3h9s_ED | 99.13° | 70.40° | -55.69° | 81.09° | 124.49° | 16.87Å | 1.7 |
7amq_BA | 100.33° | 71.59° | -54.33° | 80.53° | 125.07° | 16.75Å | 1.7 |
7ams_BA | 100.34° | 71.98° | -55.69° | 80.34° | 124.67° | 16.63Å | 2.0 |
4eup_JI | 99.43° | 70.05° | -55.99° | 81.45° | 126.09° | 17.00Å | 2.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.2 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.0 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.9 |
4ydl_BC | 108.55° | 70.84° | -54.89° | 85.83° | 123.35° | 15.92Å | 10.0 |