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Structural Basis For Recognition of Mutant Self By a Tumor-Specific, MHC Class Ii-Restricted TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 2iam |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV22/TRAJ54 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | GELIGILNAAKVPAD |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASTYHGTGY | None | 9 |
CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHNY | None | 5 |
CDRA3 | AALIQGAQKLV | A3-11-B | 11 |
CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
Angle | Value |
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BC2 | 100.10° |
BC1 | 66.38° |
BA | -46.77° |
AC2 | 85.29° |
AC1 | 127.34° |
dc | 16.86Å |
Docking angle | 43.40° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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2ian_ON | 100.39° | 65.95° | -46.45° | 85.10° | 127.80° | 16.91Å | 0.8 |
2ian_TS | 100.53° | 65.98° | -47.12° | 84.53° | 127.43° | 16.86Å | 1.0 |
2ian_ED | 100.65° | 66.15° | -47.96° | 83.19° | 127.36° | 16.72Å | 2.5 |
8en8_JI | 99.10° | 66.80° | -45.73° | 83.58° | 129.37° | 17.46Å | 3.1 |
8es9_BA | 99.43° | 67.31° | -47.86° | 87.02° | 128.97° | 18.02Å | 3.1 |