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Large Cdr3a Loop alteration as a Function of MHC Mutation.
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 2j8u |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.88Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ50 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | ALWGFFPVL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDWVSYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
| CDRA3 | ALFLASSSFSKLV | A3-13-D | 13 |
| CDRA2 | SFTDNKR | None | 7 |
| CDRA1 | STYSPF | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.31° |
| BC1 | 74.02° |
| BA | -66.29° |
| AC2 | 74.42° |
| AC1 | 123.85° |
| dc | 16.69Å |
| Docking angle | 68.88° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1lp9_FE | 108.68° | 73.78° | -66.70° | 74.14° | 123.92° | 16.54Å | 0.7 |
| 2uwe_FE | 109.04° | 74.17° | -66.62° | 74.12° | 124.21° | 16.65Å | 0.9 |
| 1lp9_ML | 108.14° | 73.36° | -66.36° | 74.25° | 124.79° | 16.60Å | 1.2 |
| 2jcc_FE | 109.08° | 74.58° | -66.28° | 75.05° | 124.04° | 16.62Å | 1.2 |
| 2uwe_ML | 108.04° | 73.37° | -66.20° | 73.74° | 124.87° | 16.70Å | 1.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.1 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.7 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 5.4 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.2 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 7.2 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | M |
| VA chain | L |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ50 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | J |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | ALWGFFPVL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | H | I |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | M | FASTA file |
|
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| VA | L | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDWVSYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
| CDRA3 | ALFLASSSFSKLV | A3-13-D | 13 |
| CDRA2 | SFTDNKR | None | 7 |
| CDRA1 | STYSPF | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.93° |
| BC1 | 72.98° |
| BA | -66.36° |
| AC2 | 73.99° |
| AC1 | 124.42° |
| dc | 16.81Å |
| Docking angle | 66.04° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1lp9_ML | 108.14° | 73.36° | -66.36° | 74.25° | 124.79° | 16.60Å | 0.7 |
| 2uwe_ML | 108.04° | 73.37° | -66.20° | 73.74° | 124.87° | 16.70Å | 0.7 |
| 1lp9_FE | 108.68° | 73.78° | -66.70° | 74.14° | 123.92° | 16.54Å | 1.3 |
| 2z31_BA | 107.66° | 72.97° | -66.65° | 73.04° | 123.84° | 16.30Å | 1.3 |
| 2pxy_BA | 107.69° | 72.09° | -67.17° | 74.08° | 123.73° | 16.39Å | 1.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.5 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.7 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 5.5 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.2 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 7.4 |