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Crystal Structures of High affinity Human T-Cell Receptors Bound to PMHC Reveal Native Diagonal Binding Geometry
Item | Info |
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PDB | 2p5e |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.89Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV21/TRAJ6 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | SLLMWITQC |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSYLGNTGELF | None | 12 |
CDRB2 | SVAIQT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVRPLLDGTYIPT | None | 13 |
CDRA2 | ITPWQRE | None | 7 |
CDRA1 | DSAIYN | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.36° |
BC1 | 69.92° |
BA | -44.56° |
AC2 | 87.86° |
AC1 | 123.35° |
dc | 17.00Å |
Docking angle | 66.65° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2pye_ED | 99.75° | 70.55° | -44.88° | 88.10° | 123.21° | 17.40Å | 0.9 |
2p5w_ED | 99.57° | 70.45° | -44.08° | 88.69° | 123.18° | 17.26Å | 1.2 |
2f53_ED | 98.66° | 70.55° | -45.38° | 89.09° | 123.08° | 17.05Å | 1.8 |
6q3s_ED | 98.41° | 70.06° | -44.57° | 89.80° | 124.11° | 17.21Å | 2.3 |
2bnq_ED | 99.08° | 70.19° | -46.99° | 87.94° | 123.48° | 17.00Å | 2.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5aum_AB | 108.02° | 70.08° | -43.21° | 85.51° | 119.94° | 16.13Å | 9.7 |