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Structure of the Mouse invariant Nkt Cell Receptor Valpha14
Item | Info |
---|---|
PDB | 2q86 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.85Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSAL | None | 9 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 109.01° |
BC1 | 73.63° |
BA | -59.77° |
AC2 | 78.68° |
AC1 | 124.18° |
dc | 16.58Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
8wul_HG | 109.38° | 72.89° | -59.66° | 78.25° | 124.81° | 16.60Å | 1.1 |
8wul_FE | 108.86° | 72.41° | -59.28° | 78.09° | 123.49° | 16.57Å | 1.6 |
8dnt_IH | 107.67° | 72.60° | -59.28° | 77.90° | 124.75° | 16.64Å | 2.0 |
8wul_DC | 110.87° | 73.17° | -59.74° | 78.20° | 125.05° | 16.54Å | 2.2 |
8dnt_PM | 107.67° | 71.80° | -59.96° | 78.60° | 124.64° | 16.70Å | 2.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4jj5_BA | 113.30° | 75.08° | -58.94° | 79.43° | 123.53° | 16.49Å | 4.7 |
3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 4.7 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 5.0 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 5.0 |
4s1s_HL | 113.28° | 75.84° | -59.86° | 79.98° | 125.57° | 15.71Å | 5.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSAL | None | 9 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.79° |
BC1 | 75.52° |
BA | -52.30° |
AC2 | 78.86° |
AC1 | 123.56° |
dc | 16.37Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6fur_BA | 105.02° | 77.58° | -51.11° | 79.04° | 122.74° | 16.24Å | 2.5 |
6frb_BA | 105.40° | 77.64° | -51.43° | 78.73° | 122.77° | 16.23Å | 2.5 |
6frc_BA | 105.70° | 77.45° | -51.44° | 78.36° | 122.62° | 16.30Å | 2.5 |
6fr9_BA | 105.34° | 77.72° | -51.57° | 78.78° | 122.45° | 16.33Å | 2.6 |
3mbe_DC | 105.96° | 75.46° | -53.75° | 79.63° | 121.96° | 15.91Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.8 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.8 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.8 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.0 |
1mlc_DC | 111.18° | 74.81° | -53.86° | 82.25° | 119.71° | 16.04Å | 8.4 |