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the Structural Dynamics and Energetics of an Immunodominant T-Cell Receptor are Programmed By Its Vbeta Domain
Item | Info |
---|---|
PDB | 2vlm |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.98Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV27/TRAJ42 |
Species | human |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSSRSSYEQY | None | 11 |
CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
CDRA3 | AGAGSQGNLI | A3-10-C | 10 |
CDRA2 | VVTGGEV | None | 7 |
CDRA1 | SVFSS | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.50° |
BC1 | 69.83° |
BA | -61.60° |
AC2 | 77.12° |
AC1 | 125.51° |
dc | 16.55Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4x6c_HG | 103.89° | 71.32° | -59.69° | 77.11° | 123.97° | 16.76Å | 2.9 |
2p1y_Ac | 103.78° | 71.14° | -59.22° | 76.19° | 126.48° | 17.18Å | 3.1 |
7zt2_ED | 103.28° | 71.69° | -63.23° | 78.73° | 124.60° | 16.68Å | 3.1 |
4y19_ED | 105.67° | 70.75° | -60.69° | 78.09° | 123.81° | 16.38Å | 3.2 |
7zt9_ED | 103.29° | 71.54° | -62.82° | 79.46° | 124.99° | 16.64Å | 3.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.5 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 9.2 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 9.4 |
4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 9.4 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 9.5 |