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the Structural Dynamics and Energetics of an Immunodominant T-Cell Receptor are Programmed By Its Vbeta Domain
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 2vlr |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.3Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV27/TRAJ42 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS |
| Antigen Sequence | GILGFVFTL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSSRASYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
| CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
| CDRA3 | AGAGSQGNLI | A3-10-C | 10 |
| CDRA2 | VVTGGEV | None | 7 |
| CDRA1 | SVFSS | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.89° |
| BC1 | 68.24° |
| BA | -50.85° |
| AC2 | 80.78° |
| AC1 | 128.30° |
| dc | 17.33Å |
| Docking angle | 61.22° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5hhm_ED | 101.72° | 67.97° | -50.56° | 81.00° | 128.78° | 16.94Å | 0.8 |
| 5hhm_JI | 102.11° | 67.67° | -50.24° | 81.42° | 128.65° | 17.00Å | 1.2 |
| 2vlk_ED | 102.53° | 68.22° | -50.04° | 80.54° | 127.47° | 17.33Å | 1.3 |
| 5hho_ED | 101.56° | 67.45° | -50.20° | 81.53° | 128.75° | 17.08Å | 1.4 |
| 1oga_ED | 101.63° | 66.96° | -50.54° | 80.21° | 129.12° | 17.20Å | 1.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV27/TRAJ42 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS |
| Antigen Sequence | GILGFVFTL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSSRASYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
| CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
| CDRA3 | AGAGSQGNLI | A3-10-C | 10 |
| CDRA2 | VVTGGEV | None | 7 |
| CDRA1 | SVFSS | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.60° |
| BC1 | 68.26° |
| BA | -50.48° |
| AC2 | 80.59° |
| AC1 | 128.66° |
| dc | 17.58Å |
| Docking angle | 61.78° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5hhm_ED | 101.72° | 67.97° | -50.56° | 81.00° | 128.78° | 16.94Å | 1.2 |
| 2vlk_ED | 102.53° | 68.22° | -50.04° | 80.54° | 127.47° | 17.33Å | 1.3 |
| 5hhm_JI | 102.11° | 67.67° | -50.24° | 81.42° | 128.65° | 17.00Å | 1.3 |
| 5hho_ED | 101.56° | 67.45° | -50.20° | 81.53° | 128.75° | 17.08Å | 1.7 |
| 1oga_ED | 101.63° | 66.96° | -50.54° | 80.21° | 129.12° | 17.20Å | 1.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.7 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.8 |