Detailed entry information.
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TCR complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 2wbj |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ40 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Carbohydrate |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE |
Antigen residue | NAG |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*1501 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | SARDLTSGANNEQF | None | 14 |
CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
CDRA3 | ATDTTSGTYKYI | None | 12 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
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BC2 | 99.41° |
BC1 | 72.30° |
BA | -50.37° |
AC2 | 79.57° |
AC1 | 123.87° |
dc | 16.12Å |
Docking angle | 79.38° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4jrx_ED | 100.99° | 73.66° | -50.19° | 77.76° | 123.06° | 15.83Å | 2.9 |
1ymm_ED | 102.52° | 73.47° | -48.86° | 81.32° | 123.63° | 15.82Å | 4.1 |
6vma_ED | 100.95° | 70.51° | -52.18° | 80.98° | 126.53° | 17.19Å | 4.4 |
7amq_BA | 100.33° | 71.59° | -54.33° | 80.53° | 125.07° | 16.75Å | 4.4 |
2bnu_BA | 98.54° | 71.21° | -52.35° | 79.71° | 120.08° | 16.42Å | 4.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ40 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | E | F |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*1501 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | SARDLTSGANNEQF | None | 14 |
CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
CDRA3 | ATDTTSGTYKYI | None | 12 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.50° |
BC1 | 73.05° |
BA | -50.30° |
AC2 | 80.42° |
AC1 | 123.42° |
dc | 15.89Å |
Docking angle | 79.47° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1ymm_ED | 102.52° | 73.47° | -48.86° | 81.32° | 123.63° | 15.82Å | 2.7 |
4jrx_ED | 100.99° | 73.66° | -50.19° | 77.76° | 123.06° | 15.83Å | 2.8 |
4e42_BA | 100.75° | 70.98° | -53.41° | 81.65° | 121.31° | 16.13Å | 4.5 |
4qrp_LK | 101.65° | 74.60° | -53.08° | 81.91° | 125.88° | 16.97Å | 4.6 |
4e42_DC | 101.69° | 69.47° | -52.06° | 81.97° | 124.55° | 16.37Å | 4.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.0 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.6 |