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Crystal Structure of the Ternary complex Between Human T Cell Receptor, Staphylococcal Enterotoxin H and Human Major Histocompatibility complex Class Ii
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 2xn9 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.3Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV19/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV27/TRAJ42 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Protein |
| Antigen Organism | STAPHYLOCOCCUS AUREUS |
| Antigen Sequence | EDLHDKSELTDLALANAYGQYNHPFIKENIKSDEISGEKDLIFRNQGDSGNDLRVKFATADLAQKFKNKNVDIYGASFYYKCEKISENISECLYGGTTLNSEKLAQERVIGANVWVDGIQKETELIRTNKKNVTLQELDIKIRKILSDKYKIYYKDSEISKGLIEFDMKTPRDYSFDIYDLKGENDYEIDKIYEDNKTLKSDDISHIDVNLYTKKKV |
| Antigen Length | 217 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSSRSSYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
| CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
| CDRA3 | AGAGSQGNLI | A3-10-C | 10 |
| CDRA2 | VVTGGEV | None | 7 |
| CDRA1 | SVFSS | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.51° |
| BC1 | 72.32° |
| BA | -61.82° |
| AC2 | 74.17° |
| AC1 | 124.46° |
| dc | 16.45Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7f5k_DC | 106.07° | 71.79° | -62.77° | 75.29° | 123.23° | 16.79Å | 2.1 |
| 1u3h_FE | 107.39° | 72.28° | -61.98° | 75.12° | 124.59° | 16.64Å | 2.1 |
| 3c5z_BA | 105.83° | 72.54° | -63.41° | 72.83° | 123.96° | 16.50Å | 2.2 |
| 3c5z_FE | 105.85° | 72.52° | -63.47° | 72.79° | 123.93° | 16.50Å | 2.3 |
| 4x6d_HG | 106.02° | 72.33° | -61.93° | 75.96° | 122.76° | 16.56Å | 2.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.8 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 7.8 |
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.4 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.4 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 8.5 |