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Structural Features Underlying T-Cell Receptor Sensitivity to Concealed MHC Class I Micropolymorphisms
Item | Info |
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PDB | 2ypl |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.4Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV19/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV5/TRAJ13 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS |
Antigen Sequence | KAFSPEVIPMF |
Antigen Length | 11 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*5706 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASTGSYGYT | None | 9 |
CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
CDRA3 | AVSGGYQKVT | None | 10 |
CDRA2 | IFSNMDM | None | 7 |
CDRA1 | DSSSTY | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 101.87° |
BC1 | 72.23° |
BA | -65.98° |
AC2 | 80.60° |
AC1 | 124.96° |
dc | 16.84Å |
Docking angle | 27.48° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6ovo_BA | 103.01° | 72.72° | -64.60° | 82.04° | 125.37° | 16.52Å | 2.4 |
4l9l_BA | 102.30° | 73.18° | -63.63° | 80.48° | 125.58° | 16.78Å | 2.6 |
3sdx_HG | 100.74° | 71.55° | -64.75° | 81.91° | 126.47° | 17.26Å | 2.7 |
3sdx_FE | 101.12° | 71.44° | -64.76° | 81.96° | 126.82° | 17.19Å | 2.8 |
4iiq_BA | 103.65° | 73.89° | -66.35° | 79.44° | 124.10° | 16.42Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 7.6 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 8.1 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.6 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 9.4 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.7 |