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Crystal Structure of Mouse MHC Class Ii I-ab/3K Peptide complexed with Mouse TCR Yae62
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3c60 |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.05Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV6/TRAJ13 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AANSGTYQR | None | 9 |
| CDRA2 | VTTANNK | None | 7 |
| CDRA1 | TTGYPT | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.87° |
| BC1 | 72.85° |
| BA | -62.87° |
| AC2 | 74.17° |
| AC1 | 122.49° |
| dc | 16.41Å |
| Docking angle | 49.69° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4p5t_BA | 108.71° | 72.59° | -63.65° | 75.17° | 122.54° | 16.55Å | 1.6 |
| 4p5t_FE | 108.86° | 72.42° | -64.20° | 75.08° | 122.58° | 16.54Å | 1.9 |
| 4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 2.2 |
| 3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 2.4 |
| 7f5k_DC | 106.07° | 71.79° | -62.77° | 75.29° | 123.23° | 16.79Å | 2.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.0 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 6.0 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.1 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.2 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 6.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV6/TRAJ13 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | G | H |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AANSGTYQR | None | 9 |
| CDRA2 | VTTANNK | None | 7 |
| CDRA1 | TTGYPT | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.89° |
| BC1 | 72.90° |
| BA | -62.78° |
| AC2 | 74.22° |
| AC1 | 122.48° |
| dc | 16.41Å |
| Docking angle | 47.04° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4p5t_BA | 108.71° | 72.59° | -63.65° | 75.17° | 122.54° | 16.55Å | 1.6 |
| 4p5t_FE | 108.86° | 72.42° | -64.20° | 75.08° | 122.58° | 16.54Å | 2.0 |
| 4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 2.3 |
| 3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 2.4 |
| 7f5k_DC | 106.07° | 71.79° | -62.77° | 75.29° | 123.23° | 16.79Å | 2.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.0 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.9 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.1 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.3 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 6.6 |