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Crystal Structure of Mouse MHC Class Ii I-ab/3K Peptide complexed with Mouse TCR 2W20
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3c6l |
| Organism | MUS MUSCULUS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.4Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ31 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDAWGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AASDNRIF | None | 8 |
| CDRA2 | IRPVSNK | None | 7 |
| CDRA1 | DSTFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 111.75° |
| BC1 | 72.89° |
| BA | -59.46° |
| AC2 | 75.44° |
| AC1 | 123.92° |
| dc | 16.61Å |
| Docking angle | 40.94° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5e6i_BA | 109.82° | 71.78° | -59.43° | 74.78° | 123.96° | 16.82Å | 2.3 |
| 8wul_DC | 110.87° | 73.17° | -59.74° | 78.20° | 125.05° | 16.54Å | 3.1 |
| 8wul_HG | 109.38° | 72.89° | -59.66° | 78.25° | 124.81° | 16.60Å | 3.8 |
| 8wul_FE | 108.86° | 72.41° | -59.28° | 78.09° | 123.49° | 16.57Å | 4.0 |
| 5e6i_LF | 110.43° | 71.17° | -60.84° | 72.67° | 125.00° | 17.08Å | 4.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 4.3 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 4.8 |
| 4jj5_BA | 113.30° | 75.08° | -58.94° | 79.43° | 123.53° | 16.49Å | 4.9 |
| 2vxt_HL | 112.53° | 71.75° | -60.55° | 78.20° | 120.37° | 16.05Å | 4.9 |
| 4osu_HL | 113.36° | 71.18° | -59.13° | 79.75° | 123.24° | 15.69Å | 5.1 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ31 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | G | H |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDAWGYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AASDNRIF | None | 8 |
| CDRA2 | IRPVSNK | None | 7 |
| CDRA1 | DSTFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 111.86° |
| BC1 | 72.92° |
| BA | -59.42° |
| AC2 | 75.57° |
| AC1 | 123.91° |
| dc | 16.62Å |
| Docking angle | 42.80° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5e6i_BA | 109.82° | 71.78° | -59.43° | 74.78° | 123.96° | 16.82Å | 2.5 |
| 8wul_DC | 110.87° | 73.17° | -59.74° | 78.20° | 125.05° | 16.54Å | 3.1 |
| 8wul_HG | 109.38° | 72.89° | -59.66° | 78.25° | 124.81° | 16.60Å | 3.8 |
| 8wul_FE | 108.86° | 72.41° | -59.28° | 78.09° | 123.49° | 16.57Å | 4.0 |
| 8wul_BA | 109.40° | 71.92° | -61.55° | 77.83° | 123.26° | 16.56Å | 4.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 4.2 |
| 4jj5_BA | 113.30° | 75.08° | -58.94° | 79.43° | 123.53° | 16.49Å | 4.7 |
| 2vxt_HL | 112.53° | 71.75° | -60.55° | 78.20° | 120.37° | 16.05Å | 4.8 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 4.8 |
| 4osu_HL | 113.36° | 71.18° | -59.13° | 79.75° | 123.24° | 15.69Å | 4.9 |