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Crystal Structure of the Dm1 TCR in complex with HLA-B*4405 and Decamer Ebv antigen
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3dxa |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.5Å |
| Number of TCRs | 3 |
This PDB has 3 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ13 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | EENLLDFVRF |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*4405 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRYRDDSYNEQF | None | 13 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
| CDRA3 | IVWGGYQKVT | None | 10 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 112.24° |
| BC1 | 72.38° |
| BA | -62.37° |
| AC2 | 87.77° |
| AC1 | 130.29° |
| dc | 18.02Å |
| Docking angle | 58.06° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 2.9 |
| 6avg_DC | 111.12° | 74.76° | -63.24° | 87.80° | 129.13° | 17.03Å | 3.2 |
| 4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.2 |
| 1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 3.3 |
| 1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 7.6 |
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 7.9 |
| 4s1q_HL | 115.45° | 75.99° | -60.47° | 82.99° | 127.28° | 15.31Å | 8.1 |
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.1 |
| 4ydv_BA | 114.33° | 72.59° | -62.69° | 84.07° | 123.51° | 16.29Å | 8.2 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ13 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | EENLLDFVRF |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*4405 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRYRDDSYNEQF | None | 13 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
| CDRA3 | IVWGGYQKVT | None | 10 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 112.22° |
| BC1 | 71.85° |
| BA | -61.83° |
| AC2 | 88.91° |
| AC1 | 130.24° |
| dc | 18.26Å |
| Docking angle | 60.43° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 2.8 |
| 4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.0 |
| 5d2n_FC | 110.14° | 72.01° | -59.58° | 87.06° | 130.65° | 17.38Å | 3.7 |
| 1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 3.9 |
| 6avg_DC | 111.12° | 74.76° | -63.24° | 87.80° | 129.13° | 17.03Å | 4.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 7.7 |
| 4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 8.3 |
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 8.3 |
| 4lsv_HL | 112.42° | 71.79° | -57.42° | 87.34° | 123.18° | 16.92Å | 8.6 |
| 2w65_AB | 112.61° | 73.10° | -59.37° | 85.00° | 123.28° | 16.61Å | 8.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | O |
| VA chain | N |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ13 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | M |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | EENLLDFVRF |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | K | L |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*4405 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | O | FASTA file |
|
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| VA | N | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASRYRDDSYNEQF | None | 13 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
| CDRA3 | IVWGGYQKVT | None | 10 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 112.06° |
| BC1 | 72.11° |
| BA | -62.92° |
| AC2 | 87.81° |
| AC1 | 130.26° |
| dc | 18.12Å |
| Docking angle | 58.23° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 2.9 |
| 1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 3.1 |
| 6avg_DC | 111.12° | 74.76° | -63.24° | 87.80° | 129.13° | 17.03Å | 3.2 |
| 4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.2 |
| 1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 8.1 |
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 8.2 |
| 4ydv_BA | 114.33° | 72.59° | -62.69° | 84.07° | 123.51° | 16.29Å | 8.3 |
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.4 |
| 4s1q_HL | 115.45° | 75.99° | -60.47° | 82.99° | 127.28° | 15.31Å | 8.5 |