Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Crystal Structure of Human CD1D-alpha-Galactosylceramide in complex with Semi-invariant Nkt Cell Receptor
Item | Info |
---|---|
PDB | 3huj |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV10/TRAJ18 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Carbohydrate |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE |
Antigen residue | AGH |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | F | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSGLRDRGLYEQY | None | 14 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | VVSDRGSTLGRLY | None | 13 |
CDRA2 | MTFSENT | None | 7 |
CDRA1 | VSPFSN | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 99.59° |
BC1 | 70.06° |
BA | -56.24° |
AC2 | 81.88° |
AC1 | 130.12° |
dc | 17.13Å |
Docking angle | 29.89° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3vwk_DC | 99.04° | 70.79° | -54.00° | 81.69° | 130.63° | 17.44Å | 2.5 |
3vwj_DC | 98.96° | 70.63° | -54.03° | 82.64° | 130.81° | 17.19Å | 2.6 |
4eup_JI | 99.43° | 70.05° | -55.99° | 81.45° | 126.09° | 17.00Å | 4.1 |
8es7_BA | 99.21° | 70.44° | -55.67° | 84.06° | 126.10° | 17.05Å | 4.6 |
5yxu_BA | 103.19° | 70.02° | -55.97° | 81.28° | 127.13° | 16.34Å | 4.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV10/TRAJ18 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Carbohydrate |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE |
Antigen residue | AGH |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | H | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSGLRDRGLYEQY | None | 14 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | VVSDRGSTLGRLY | None | 13 |
CDRA2 | MTFSENT | None | 7 |
CDRA1 | VSPFSN | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 101.06° |
BC1 | 71.26° |
BA | -52.04° |
AC2 | 84.08° |
AC1 | 132.21° |
dc | 17.27Å |
Docking angle | 33.48° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3vwj_DC | 98.96° | 70.63° | -54.03° | 82.64° | 130.81° | 17.19Å | 3.6 |
4pj8_DC | 103.12° | 69.08° | -49.98° | 85.22° | 131.61° | 17.49Å | 3.9 |
2cde_DC | 103.64° | 70.43° | -50.60° | 83.45° | 129.89° | 17.47Å | 3.9 |
2cde_BA | 102.73° | 68.97° | -51.15° | 85.99° | 130.58° | 17.61Å | 3.9 |
2cde_FE | 103.80° | 70.90° | -51.77° | 85.50° | 129.72° | 17.10Å | 4.0 |