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Crystal Structure of the Lc13 TCR in complex with Hla B*4405 Bound to Eeylqafty a Self Peptide From the abcd3 Protein
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3kps |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.7Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ52 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | EEYLQAFTY |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*4405 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLGQAYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | ILPLAGGTSYGKLT | None | 14 |
| CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.71° |
| BC1 | 71.81° |
| BA | -63.92° |
| AC2 | 89.41° |
| AC1 | 132.56° |
| dc | 17.63Å |
| Docking angle | 43.18° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3kpr_ED | 108.37° | 71.95° | -62.50° | 91.08° | 133.35° | 17.66Å | 2.4 |
| 1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 2.6 |
| 4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 3.2 |
| 4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.3 |
| 1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 3.5 |