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Crystal Structure of the Tk3 TCR in complex with HLA-B*3501/Hpvg
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3mv7 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV20/TRAJ52 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | HPVGEADYFEY |
| Antigen Length | 11 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*3501 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSARSGELF | None | 10 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AVQDLGTSGSRLT | A3-13-C | 13 |
| CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
| CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.20° |
| BC1 | 75.45° |
| BA | -59.30° |
| AC2 | 74.94° |
| AC1 | 122.22° |
| dc | 15.99Å |
| Docking angle | 42.52° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mv8_ED | 100.96° | 75.00° | -59.50° | 74.93° | 121.87° | 16.01Å | 0.7 |
| 4prp_ED | 101.53° | 75.40° | -59.36° | 75.58° | 122.17° | 16.09Å | 0.7 |
| 4pri_ED | 101.93° | 74.75° | -59.39° | 75.41° | 122.57° | 16.15Å | 1.2 |
| 3mv9_ED | 101.77° | 75.07° | -59.09° | 75.92° | 121.92° | 16.08Å | 1.3 |
| 6eh9_BA | 103.54° | 75.41° | -59.14° | 72.58° | 122.83° | 16.08Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.9 |