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Structure of autoimmune TCR Hy.1B11 in complex with HLA-Dq1 and Mbp 85-99
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3pl6 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.55Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV13/TRAJ48 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0102 / HLA-DQB1*0501 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ATSALGDTQY | None | 10 |
| CDRB2 | FQGTGA | None | 6 |
| CDRB1 | SGHTA | None | 5 |
| CDRA3 | AASSFGNEKLT | None | 11 |
| CDRA2 | IRSNVGE | None | 7 |
| CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.57° |
| BC1 | 73.02° |
| BA | -63.19° |
| AC2 | 78.32° |
| AC1 | 121.38° |
| dc | 15.56Å |
| Docking angle | 25.66° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4grl_DC | 101.09° | 72.67° | -62.95° | 78.25° | 121.42° | 15.62Å | 0.6 |
| 4may_DC | 101.00° | 72.85° | -63.47° | 77.70° | 121.21° | 15.54Å | 0.9 |
| 4pjh_HG | 103.29° | 73.34° | -63.14° | 79.06° | 123.01° | 16.41Å | 2.6 |
| 3skn_BA | 103.01° | 72.31° | -64.04° | 78.70° | 122.99° | 16.96Å | 2.8 |
| 5d7i_FE | 103.88° | 72.92° | -63.55° | 78.71° | 122.94° | 16.52Å | 3.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.5 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 7.7 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 8.3 |
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 8.4 |
| 4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 8.7 |