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Structure of autoimmune TCR Hy.1B11 in complex with HLA-Dq1 and Mbp 85-99
Item | Info |
---|---|
PDB | 3pl6 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.55Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV13/TRAJ48 |
Species | human |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0102 / HLA-DQB1*0501 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ATSALGDTQY | None | 10 |
CDRB2 | FQGTGA | None | 6 |
CDRB1 | SGHTA | None | 5 |
CDRA3 | AASSFGNEKLT | None | 11 |
CDRA2 | IRSNVGE | None | 7 |
CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 101.57° |
BC1 | 73.02° |
BA | -63.19° |
AC2 | 78.32° |
AC1 | 121.38° |
dc | 15.56Å |
Docking angle | 25.66° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4grl_DC | 101.09° | 72.67° | -62.95° | 78.25° | 121.42° | 15.62Å | 0.6 |
4may_DC | 101.00° | 72.85° | -63.47° | 77.70° | 121.21° | 15.54Å | 0.9 |
4pjh_HG | 103.29° | 73.34° | -63.14° | 79.06° | 123.01° | 16.41Å | 2.6 |
3skn_BA | 103.01° | 72.31° | -64.04° | 78.70° | 122.99° | 16.96Å | 2.8 |
5d7i_FE | 103.88° | 72.92° | -63.55° | 78.71° | 122.94° | 16.52Å | 3.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.5 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 7.7 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 8.3 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 8.4 |
4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 8.7 |