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Crystal Structure of 809.B5 TCR complexed with MHC Class Ii I-ab/3K Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 3rdt |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.7Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ45 |
Species | mouse |
Item | Info |
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MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AASKGADRLT | None | 10 |
CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.47° |
BC1 | 71.61° |
BA | -65.20° |
AC2 | 73.43° |
AC1 | 124.44° |
dc | 16.68Å |
Docking angle | 40.76° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4p23_BA | 108.62° | 71.76° | -65.31° | 73.30° | 124.36° | 16.71Å | 0.3 |
4p46_BA | 108.81° | 71.44° | -65.09° | 73.62° | 124.48° | 16.80Å | 0.5 |
1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 1.9 |
2j8u_ML | 107.93° | 72.98° | -66.36° | 73.99° | 124.42° | 16.81Å | 2.0 |
2uwe_ML | 108.04° | 73.37° | -66.20° | 73.74° | 124.87° | 16.70Å | 2.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.0 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 5.3 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.7 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.7 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 7.1 |