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a Single TCR Bound to MHCi and MHC Ii Reveals Switchable TCR Conformers
Item | Info |
---|---|
PDB | 3rgv |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.9Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV6/TRAJ13 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | E |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen Sequence | WIYVYRPMGCGGS |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
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MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH1-K1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AANSGTYQR | None | 9 |
CDRA2 | VTTANNK | None | 7 |
CDRA1 | TTGYPT | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.45° |
BC1 | 69.60° |
BA | -56.35° |
AC2 | 79.16° |
AC1 | 129.29° |
dc | 17.99Å |
Docking angle | 52.62° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6cuh_BA | 105.70° | 69.71° | -56.90° | 76.95° | 129.69° | 17.44Å | 2.4 |
6cug_ED | 105.61° | 69.35° | -58.93° | 78.38° | 129.60° | 17.66Å | 2.7 |
5w1w_ED | 105.81° | 71.13° | -54.40° | 77.86° | 128.93° | 16.65Å | 3.1 |
5w1w_JI | 106.10° | 70.74° | -54.96° | 77.08° | 128.55° | 16.78Å | 3.2 |
5ivx_FE | 105.11° | 70.76° | -57.75° | 79.87° | 126.86° | 17.29Å | 3.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.5 |
2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 8.7 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.1 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.3 |
2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 9.5 |