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Structure of the Mouse CD1D-Hs44-inkt TCR complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 3rtq |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV11/TRAJ18 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | MUS MUSCULUS |
Antigen name | N-[(2S,3S,4R)-3,4-DIHYDROXY-1-{[(1S,2S,3R,4R,5S)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYCYCLOHEXYL]AMINO}OCTADECAN-2-YL]HEXACOSANAMIDE |
Antigen residue | H4S |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | CD1D1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGDEGYTQY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | VVGDRGSALGRLH | None | 13 |
CDRA2 | LVDQKDK | A2-7-C | 7 |
CDRA1 | VTPDNH | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 99.46° |
BC1 | 78.78° |
BA | -58.23° |
AC2 | 79.47° |
AC1 | 122.48° |
dc | 16.04Å |
Docking angle | 26.52° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6cwb_DC | 99.58° | 78.71° | -57.99° | 79.33° | 122.49° | 16.11Å | 0.3 |
6cw6_DC | 99.52° | 79.00° | -57.89° | 79.45° | 122.60° | 16.04Å | 0.4 |
3rzc_DC | 99.39° | 79.02° | -58.09° | 79.38° | 122.79° | 16.05Å | 0.4 |
6cw9_DC | 99.40° | 78.65° | -57.87° | 79.12° | 122.47° | 16.13Å | 0.5 |
3ta3_DC | 99.47° | 78.74° | -58.03° | 79.09° | 122.69° | 16.13Å | 0.5 |