Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Crystal Structure of Human autoreactive-Valpha24 Nkt TCR in complex with CD1D-Beta-Galactosylceramide
Item | Info |
---|---|
PDB | 3sdx |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.12Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV10/TRAJ18 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-[(2S,3R)-1-(BETA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)-3-HYDROXYOCTADEC-4-EN-2-YL]TETRACOSANAMIDE |
Antigen residue | GCY |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | F | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSEFGGTERTQETQY | None | 16 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | VVSDRGSTLGRLY | None | 13 |
CDRA2 | MTFSENT | None | 7 |
CDRA1 | VSPFSN | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 101.12° |
BC1 | 71.44° |
BA | -64.76° |
AC2 | 81.96° |
AC1 | 126.82° |
dc | 17.19Å |
Docking angle | 28.60° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3tyf_DC | 102.08° | 72.13° | -63.97° | 82.92° | 126.43° | 16.81Å | 1.8 |
2ypl_ED | 101.87° | 72.23° | -65.98° | 80.60° | 124.96° | 16.84Å | 2.8 |
6ovo_BA | 103.01° | 72.72° | -64.60° | 82.04° | 125.37° | 16.52Å | 2.8 |
6v80_IH | 101.62° | 72.99° | -64.05° | 79.81° | 127.48° | 17.14Å | 2.9 |
4l9l_BA | 102.30° | 73.18° | -63.63° | 80.48° | 125.58° | 16.78Å | 3.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 9.3 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 9.6 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV10/TRAJ18 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | N-[(2S,3R)-1-(BETA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)-3-HYDROXYOCTADEC-4-EN-2-YL]TETRACOSANAMIDE |
Antigen residue | GCY |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | H | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSEFGGTERTQETQY | None | 16 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | VVSDRGSTLGRLY | None | 13 |
CDRA2 | MTFSENT | None | 7 |
CDRA1 | VSPFSN | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.74° |
BC1 | 71.55° |
BA | -64.75° |
AC2 | 81.91° |
AC1 | 126.47° |
dc | 17.26Å |
Docking angle | 27.47° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3tyf_DC | 102.08° | 72.13° | -63.97° | 82.92° | 126.43° | 16.81Å | 2.0 |
2ypl_ED | 101.87° | 72.23° | -65.98° | 80.60° | 124.96° | 16.84Å | 2.7 |
6ovo_BA | 103.01° | 72.72° | -64.60° | 82.04° | 125.37° | 16.52Å | 2.9 |
6v80_IH | 101.62° | 72.99° | -64.05° | 79.81° | 127.48° | 17.14Å | 3.0 |
4l9l_BA | 102.30° | 73.18° | -63.63° | 80.48° | 125.58° | 16.78Å | 3.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 9.4 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 9.6 |