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Crystal Structure of an inkt TCR in complex with CD1D-Lysophosphatidylcholine
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3tzv |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.056Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV10/TRAJ18 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSEEGALKESVGTQY | None | 16 |
| CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
| CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
| CDRA3 | VVSDRGSTLGRLY | None | 13 |
| CDRA2 | MTFSENT | None | 7 |
| CDRA1 | VSPFSN | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 99.25° |
| BC1 | 69.96° |
| BA | -60.95° |
| AC2 | 82.14° |
| AC1 | 126.62° |
| dc | 17.43Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2po6_HG | 101.02° | 70.95° | -61.75° | 83.95° | 128.24° | 17.22Å | 3.3 |
| 3e3q_WV | 100.93° | 72.31° | -59.08° | 82.20° | 125.79° | 16.55Å | 3.6 |
| 3e3q_aZ | 100.79° | 72.01° | -58.53° | 82.50° | 126.04° | 16.61Å | 3.7 |
| 7zt3_ED | 102.64° | 70.92° | -61.06° | 82.28° | 125.61° | 16.96Å | 3.7 |
| 3e3q_ed | 100.90° | 72.26° | -58.71° | 82.78° | 125.95° | 16.62Å | 3.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV10/TRAJ18 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | (4R,7R,18E)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE |
| Antigen residue | LSC |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | CD1D*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSEEGALKESVGTQY | None | 16 |
| CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
| CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
| CDRA3 | VVSDRGSTLGRLY | None | 13 |
| CDRA2 | MTFSENT | None | 7 |
| CDRA1 | VSPFSN | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 101.12° |
| BC1 | 70.54° |
| BA | -61.31° |
| AC2 | 83.81° |
| AC1 | 127.17° |
| dc | 17.14Å |
| Docking angle | 22.98° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2po6_HG | 101.02° | 70.95° | -61.75° | 83.95° | 128.24° | 17.22Å | 1.2 |
| 2po6_DC | 100.88° | 70.51° | -60.85° | 85.02° | 129.17° | 17.22Å | 2.4 |
| 7zt3_ED | 102.64° | 70.92° | -61.06° | 82.28° | 125.61° | 16.96Å | 2.7 |
| 3tyf_BA | 101.94° | 70.96° | -62.36° | 86.65° | 127.41° | 17.27Å | 3.2 |
| 6v80_DC | 102.40° | 73.29° | -61.05° | 82.36° | 127.87° | 17.27Å | 3.4 |