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T36-5 TCR Specific For HLA-A24-Nef134-10
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3vxt |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.5Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSGASHEQY | None | 10 |
| CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | GTYNQGGKLI | None | 10 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.58° |
| BC1 | 68.21° |
| BA | -50.00° |
| AC2 | 82.91° |
| AC1 | 128.68° |
| dc | 17.61Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dzb_BA | 105.86° | 68.09° | -51.34° | 83.86° | 131.28° | 17.17Å | 3.1 |
| 2cde_DC | 103.64° | 70.43° | -50.60° | 83.45° | 129.89° | 17.47Å | 3.3 |
| 5wlg_ED | 104.31° | 68.73° | -52.65° | 80.75° | 128.23° | 17.71Å | 3.7 |
| 2vlr_JI | 102.60° | 68.26° | -50.48° | 80.59° | 128.66° | 17.58Å | 3.8 |
| 3vxu_ED | 106.29° | 69.31° | -49.40° | 85.23° | 125.93° | 17.29Å | 3.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4qth_AB | 111.26° | 70.26° | -51.98° | 83.39° | 123.62° | 16.07Å | 8.3 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.4 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.7 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.7 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.9 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSGASHEQY | None | 10 |
| CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | GTYNQGGKLI | None | 10 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.54° |
| BC1 | 68.24° |
| BA | -49.02° |
| AC2 | 82.96° |
| AC1 | 128.68° |
| dc | 17.67Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2cde_DC | 103.64° | 70.43° | -50.60° | 83.45° | 129.89° | 17.47Å | 3.6 |
| 4dzb_BA | 105.86° | 68.09° | -51.34° | 83.86° | 131.28° | 17.17Å | 3.7 |
| 3vxu_ED | 106.29° | 69.31° | -49.40° | 85.23° | 125.93° | 17.29Å | 3.8 |
| 2vlr_JI | 102.60° | 68.26° | -50.48° | 80.59° | 128.66° | 17.58Å | 4.0 |
| 5hhm_JI | 102.11° | 67.67° | -50.24° | 81.42° | 128.65° | 17.00Å | 4.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4qth_AB | 111.26° | 70.26° | -51.98° | 83.39° | 123.62° | 16.07Å | 8.6 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.7 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.1 |
| 4m6n_HL | 113.51° | 68.17° | -50.57° | 82.96° | 124.36° | 16.48Å | 9.3 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.3 |