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the complex Between T36-5 TCR and HLA-A24 Bound to Hiv-1 Nef134-10(2F) Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 3vxu |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.7Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen Sequence | RFPLTFGWCF |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSGASHEQY | None | 10 |
CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | GTYNQGGKLI | None | 10 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.29° |
BC1 | 69.31° |
BA | -49.40° |
AC2 | 85.23° |
AC1 | 125.93° |
dc | 17.29Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6xqp_FE | 104.15° | 71.19° | -47.39° | 84.80° | 127.18° | 17.21Å | 3.7 |
6xqp_HG | 103.80° | 71.51° | -48.22° | 84.50° | 126.59° | 16.88Å | 3.7 |
3vxt_DC | 105.54° | 68.24° | -49.02° | 82.96° | 128.68° | 17.67Å | 3.8 |
3vxt_BA | 105.58° | 68.21° | -50.00° | 82.91° | 128.68° | 17.61Å | 3.9 |
6xqq_BA | 104.49° | 70.41° | -45.45° | 84.55° | 126.96° | 16.97Å | 4.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4qth_AB | 111.26° | 70.26° | -51.98° | 83.39° | 123.62° | 16.07Å | 6.5 |
1cfn_BA | 107.76° | 67.31° | -50.48° | 85.90° | 120.10° | 16.45Å | 6.5 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.6 |
1cft_BA | 107.61° | 67.68° | -51.49° | 84.71° | 119.99° | 16.31Å | 6.7 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
Antigen Sequence | RFPLTFGWCF |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSGASHEQY | None | 10 |
CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | GTYNQGGKLI | None | 10 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.75° |
BC1 | 67.48° |
BA | -50.66° |
AC2 | 85.59° |
AC1 | 129.55° |
dc | 16.93Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4dzb_BA | 105.86° | 68.09° | -51.34° | 83.86° | 131.28° | 17.17Å | 3.9 |
3vxt_BA | 105.58° | 68.21° | -50.00° | 82.91° | 128.68° | 17.61Å | 4.4 |
3vxt_DC | 105.54° | 68.24° | -49.02° | 82.96° | 128.68° | 17.67Å | 4.7 |
7sg1_ED | 108.08° | 69.88° | -51.96° | 88.28° | 133.28° | 18.06Å | 5.5 |
2eys_BA | 105.18° | 68.91° | -48.08° | 87.29° | 132.33° | 17.71Å | 5.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5mvz_AB | 112.73° | 69.79° | -54.63° | 83.84° | 125.71° | 16.42Å | 7.4 |
3dgg_BA | 113.83° | 69.98° | -51.36° | 84.42° | 124.83° | 16.91Å | 7.5 |
4qth_AB | 111.26° | 70.26° | -51.98° | 83.39° | 123.62° | 16.07Å | 7.5 |
4m6n_HL | 113.51° | 68.17° | -50.57° | 82.96° | 124.36° | 16.48Å | 7.6 |
4m6m_HL | 113.50° | 67.96° | -50.53° | 83.10° | 123.77° | 16.43Å | 7.9 |