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the complex Between T36-5 TCR and HLA-A24 Bound to Hiv-1 Nef134-10(2F) Peptide
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 3vxu |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.7Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen Sequence | RFPLTFGWCF |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSGASHEQY | None | 10 |
| CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | GTYNQGGKLI | None | 10 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.29° |
| BC1 | 69.31° |
| BA | -49.40° |
| AC2 | 85.23° |
| AC1 | 125.93° |
| dc | 17.29Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6xqp_FE | 104.15° | 71.19° | -47.39° | 84.80° | 127.18° | 17.21Å | 3.7 |
| 6xqp_HG | 103.80° | 71.51° | -48.22° | 84.50° | 126.59° | 16.88Å | 3.7 |
| 3vxt_DC | 105.54° | 68.24° | -49.02° | 82.96° | 128.68° | 17.67Å | 3.8 |
| 3vxt_BA | 105.58° | 68.21° | -50.00° | 82.91° | 128.68° | 17.61Å | 3.9 |
| 6xqq_BA | 104.49° | 70.41° | -45.45° | 84.55° | 126.96° | 16.97Å | 4.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4qth_AB | 111.26° | 70.26° | -51.98° | 83.39° | 123.62° | 16.07Å | 6.5 |
| 1cfn_BA | 107.76° | 67.31° | -50.48° | 85.90° | 120.10° | 16.45Å | 6.5 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 6.6 |
| 1cft_BA | 107.61° | 67.68° | -51.49° | 84.71° | 119.99° | 16.31Å | 6.7 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV27/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 |
| Antigen Sequence | RFPLTFGWCF |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*2402 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSGASHEQY | None | 10 |
| CDRB2 | SMNVEV | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | GTYNQGGKLI | None | 10 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.75° |
| BC1 | 67.48° |
| BA | -50.66° |
| AC2 | 85.59° |
| AC1 | 129.55° |
| dc | 16.93Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dzb_BA | 105.86° | 68.09° | -51.34° | 83.86° | 131.28° | 17.17Å | 3.9 |
| 3vxt_BA | 105.58° | 68.21° | -50.00° | 82.91° | 128.68° | 17.61Å | 4.4 |
| 3vxt_DC | 105.54° | 68.24° | -49.02° | 82.96° | 128.68° | 17.67Å | 4.7 |
| 7sg1_ED | 108.08° | 69.88° | -51.96° | 88.28° | 133.28° | 18.06Å | 5.5 |
| 2eys_BA | 105.18° | 68.91° | -48.08° | 87.29° | 132.33° | 17.71Å | 5.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5mvz_AB | 112.73° | 69.79° | -54.63° | 83.84° | 125.71° | 16.42Å | 7.4 |
| 3dgg_BA | 113.83° | 69.98° | -51.36° | 84.42° | 124.83° | 16.91Å | 7.5 |
| 4qth_AB | 111.26° | 70.26° | -51.98° | 83.39° | 123.62° | 16.07Å | 7.5 |
| 4m6n_HL | 113.51° | 68.17° | -50.57° | 82.96° | 124.36° | 16.48Å | 7.6 |
| 4m6m_HL | 113.50° | 67.96° | -50.53° | 83.10° | 123.77° | 16.43Å | 7.9 |