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Structure of Xv19 Valpha1-Vbeta16 Type-Ii Natural Killer T Cell Receptor
Item | Info |
---|---|
PDB | 4ei6 |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.6Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV7/TRAJ26 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSFWGAYAEQF | None | 12 |
CDRB2 | FYNGKV | None | 6 |
CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
CDRA3 | AASEQNNYAQGLT | None | 13 |
CDRA2 | IFSDGD | None | 6 |
CDRA1 | DRNFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.30° |
BC1 | 73.06° |
BA | -66.76° |
AC2 | 77.49° |
AC1 | 121.19° |
dc | 16.33Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7n2p_FD | 107.08° | 72.98° | -65.93° | 76.83° | 121.72° | 15.83Å | 1.5 |
7n2r_FD | 106.69° | 73.45° | -65.69° | 76.71° | 121.10° | 15.81Å | 1.5 |
6cql_ED | 104.19° | 73.11° | -65.98° | 77.00° | 120.74° | 15.97Å | 2.4 |
6cqq_JI | 103.99° | 72.99° | -66.58° | 76.49° | 121.31° | 15.89Å | 2.6 |
7n2o_FD | 106.34° | 74.73° | -64.81° | 77.13° | 120.85° | 15.94Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 3.1 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.9 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.3 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 5.4 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.5 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV3/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV7/TRAJ26 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSFWGAYAEQF | None | 12 |
CDRB2 | FYNGKV | None | 6 |
CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
CDRA3 | AASEQNNYAQGLT | None | 13 |
CDRA2 | IFSDGD | None | 6 |
CDRA1 | DRNFQY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.99° |
BC1 | 71.66° |
BA | -68.94° |
AC2 | 79.57° |
AC1 | 124.58° |
dc | 16.60Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4elk_BA | 105.77° | 71.69° | -67.56° | 81.33° | 124.76° | 16.38Å | 2.3 |
2nw2_BA | 105.62° | 72.42° | -66.59° | 78.59° | 124.81° | 16.89Å | 2.7 |
7t2b_TS | 107.92° | 71.65° | -66.21° | 79.15° | 123.48° | 16.50Å | 3.5 |
4mji_ED | 108.26° | 72.00° | -69.04° | 77.36° | 126.13° | 16.30Å | 3.6 |
4mji_JI | 108.38° | 72.09° | -69.54° | 77.32° | 126.44° | 16.42Å | 3.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.0 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.0 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 7.1 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.4 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 7.7 |