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Preservation of Peptide Specificity During TCR-MHC Contact Dominated affinity Enhancement of a Melanoma-Specific TCR
Item | Info |
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PDB | 4jfd |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.46Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV30/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ5 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | ELAAIGILTV |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | AWSETGLGMGGWQ | None | 13 |
CDRB2 | WGPFG | None | 5 |
CDRB1 | GTSNPN | None | 6 |
CDRA3 | AVNDGGRLT | None | 9 |
CDRA2 | TYREGD | None | 6 |
CDRA1 | FLGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 100.82° |
BC1 | 74.44° |
BA | -56.42° |
AC2 | 83.45° |
AC1 | 121.04° |
dc | 15.72Å |
Docking angle | 42.67° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4jff_ED | 100.97° | 74.58° | -56.50° | 83.52° | 121.39° | 15.61Å | 0.4 |
4jfe_ED | 101.11° | 74.96° | -56.38° | 83.55° | 120.68° | 15.65Å | 0.7 |
6tmo_ED | 100.72° | 75.28° | -56.86° | 83.49° | 121.07° | 15.58Å | 1.0 |
6eqb_ED | 101.41° | 75.30° | -56.94° | 83.40° | 120.47° | 15.56Å | 1.3 |
8gvg_BA | 100.75° | 74.24° | -56.89° | 83.92° | 122.48° | 15.74Å | 1.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.0 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 9.0 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 9.4 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 9.7 |