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Crystal Structure of Ca5 TCR-Hla B*3505-Lpep complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4jrx |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.3Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV19/TRAJ34 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HUMAN HERPESVIRUS 4 |
| Antigen Sequence | LPEPLPQGQLTAY |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*3508 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASPGETEAF | None | 9 |
| CDRB2 | SASEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHNS | None | 5 |
| CDRA3 | ALSGFYNTDKLI | A3-12-B | 12 |
| CDRA2 | RNSFDEQN | None | 8 |
| CDRA1 | TRDTTYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 100.99° |
| BC1 | 73.66° |
| BA | -50.19° |
| AC2 | 77.76° |
| AC1 | 123.06° |
| dc | 15.83Å |
| Docking angle | 67.96° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2wbj_HG | 100.50° | 73.05° | -50.30° | 80.42° | 123.42° | 15.89Å | 2.8 |
| 2wbj_DC | 99.41° | 72.30° | -50.37° | 79.57° | 123.87° | 16.12Å | 2.9 |
| 2ak4_PN | 103.72° | 72.78° | -49.18° | 77.02° | 123.05° | 16.06Å | 3.1 |
| 2ak4_UT | 103.37° | 72.39° | -51.01° | 76.50° | 123.50° | 16.10Å | 3.1 |
| 3kxf_PN | 103.18° | 71.96° | -49.57° | 76.28° | 122.83° | 16.19Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.1 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.5 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.6 |