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Crystal Structure of 9C2 TCR Bound to CD1D
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4lhu |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.87Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VD chain | D |
| VG chain | G |
| VD IMGT details | TRDV1/TRDJ1 |
| VG IMGT details | TRGV5/TRGJ1 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | A |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | (15Z)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]tetracos-15-enamide |
| Antigen residue | JLS |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | CD1D*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| VD | D | FASTA file |
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| VG | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRD1 | TSWWSYY | None | 7 |
| CDRD2 | QGSDEQN | None | 7 |
| CDRD3 | ALGDPGGLNTDKLI | None | 14 |
| CDRG1 | VINAFY | None | 6 |
| CDRG2 | YDVSNSKD | None | 8 |
| CDRG3 | ATWDRGNPKTHYYKKL | None | 16 |
| Angle | Value |
|---|---|
| Docking angle | 60.02° |